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- PDB-4l76: Ca2+-bound E212Q mutant MthK RCK domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l76
タイトルCa2+-bound E212Q mutant MthK RCK domain
要素Calcium-gated potassium channel MthK
キーワードMETAL TRANSPORT / Rossmann Fold / regulatory domain / calcium binding / membrane-associated
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. ...Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.992 Å
データ登録者Smith, F.J. / Rothberg, B.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural basis of allosteric interactions among Ca(2+)-binding sites in a K(+) channel RCK domain.
著者: Smith, F.J. / Pau, V.P. / Cingolani, G. / Rothberg, B.S.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel MthK
B: Calcium-gated potassium channel MthK
C: Calcium-gated potassium channel MthK
D: Calcium-gated potassium channel MthK
E: Calcium-gated potassium channel MthK
F: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,88721
ポリマ－161,3206
非ポリマー56715
水181
1
A: Calcium-gated potassium channel MthK
B: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9577
ポリマ－53,7732
非ポリマー1835
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
C: Calcium-gated potassium channel MthK
D: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9978
ポリマ－53,7732
非ポリマー2236
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
3
E: Calcium-gated potassium channel MthK
F: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9346
ポリマ－53,7732
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7400 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.884, 118.884, 356.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Calcium-gated potassium channel MthK


分子量: 26886.607 Da / 分子数: 6 / 断片: RCK domain (UNP residues 107-336) / 変異: E212Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 8% PEG4000, 1 M ammonium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 0.2 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.992→45 Å / Num. all: 30884 / Num. obs: 30884 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 16.7 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Χ2: 1.231 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.992-3.1117.630030.5191100
3.11-3.2318.130500.5561100
3.23-3.3817.230100.6321100
3.38-3.5615.530521.24199.90.783
3.56-3.781530291.11199.70.504
3.78-4.0714.229331.427195.10.344
4.07-4.4816.930921.67911000.19
4.48-5.131831211.909199.90.152
5.13-6.4617.731841.51911000.14
6.46-4516.734101.673199.40.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AEF

2aef


解像度: 2.992→44.563 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 1997 6.5 %THIN-RESOLUTION SHELLS
Rwork0.2168 ---
obs0.2198 30704 98.8 %-
all-30704 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 220.78 Å2 / Biso mean: 104.692 Å2 / Biso min: 62.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.992→44.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10202 0 15 1 10218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97914023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9423869
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.992-3.06640.4252990.31241964206395
3.0664-3.14930.32000.274219742174100
3.1493-3.2420.32121000.265720592159100
3.242-3.34660.36471990.26519662165100
3.3466-3.46610.39511000.308220652165100
3.4661-3.60480.25761000.237820962196100
3.6048-3.76880.3062000.2791933213399
3.7688-3.96740.3111000.23861969206993
3.9674-4.21580.2572000.211319792179100
4.2158-4.5410.21721000.166221102210100
4.541-4.99750.19451000.164321332233100
4.9975-5.71930.24882000.197320632263100
5.7193-7.20080.29761000.224621832283100
7.2008-44.56760.21761990.19282213241297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7886-3.22170.44256.92944.55535.61330.53051.3033-2.2592-0.65970.34260.56660.60890.2074-1.17910.752-0.04680.12570.7826-0.01621.477436.8871-35.9363-37.5579
28.84581.6728-0.86788.74530.17395.16340.05320.35730.5285-0.2892-0.23460.22770.10680.05630.2140.78920.08360.10230.6651-0.01930.877230.6509-35.7765-42.1183
30.8101-0.47151.65512.0545-2.03838.23780.0934-0.0655-0.28830.0955-0.0443-0.03080.1725-0.0704-0.07430.7440.01520.08650.7952-0.0031.024726.2107-23.474-17.139
48.11160.650.55387.93680.76826.8742-0.18640.04730.062-0.2384-0.0060.2823-0.238-0.24890.25540.74380.07750.0110.67590.03230.964819.1644-6.6297-47.0869
50.5221-0.7999-1.17032.92990.4983.4616-0.1038-0.20460.17480.0564-0.00920.43130.2687-0.1830.12670.75370.01130.01290.86870.00431.150920.4423-12.5583-19.7792
67.6764.1035-0.34825.1755-0.26355.7689-0.1686-0.14950.08940.20150.1271-0.1031-0.5059-0.03110.00760.99550.095-0.13330.7992-0.0691.2858-16.3972-24.5238-16.3948
75.9783-4.68260.63674.1261-2.49758.23910.28721.15510.424-0.3273-0.5668-0.3513-0.1946-0.27040.24860.8792-0.07820.04930.92330.00521.1161-7.3073-34.1066-41.0538
85.47520.1073-0.24117.7114-2.2316.9731-0.1880.09540.04270.1316-0.05280.00280.36060.34020.26510.86570.04750.06990.81330.02031.06144.1885-48.2182-12.3628
94.2654-3.9759-2.15674.24642.90645.6771-0.09650.2582-0.5065-0.42140.03410.37180.235-0.10580.16010.9407-0.1263-0.08350.8698-0.07081.2074-0.9017-44.3508-39.8928
107.11641.42610.10633.3131-3.17536.3707-0.2263-0.0998-0.9244-0.0582-0.08910.27561.1856-0.30970.5271.25940.1410.2220.69750.0911.627655.418-18.9989-12.9358
119.1091.4787-0.25455.33972.21117.2075-0.4237-0.9513-0.15960.7080.06390.25810.43090.84490.32290.89150.22490.20031.10890.38511.37368.0429-9.5262-14.127
123.224-3.074-0.4614.21123.38156.9051-0.10250.2123-0.48170.03910.0284-0.13670.34650.23390.10050.9089-0.11680.14140.7243-0.02831.19456.8386-8.0685-40.807
137.48073.2178-0.84286.4260.02596.7057-0.1637-0.2889-0.41240.40840.1216-0.6505-0.36480.37790.08250.81020.0265-0.03150.6584-0.03621.145242.679410.6941-15.749
143.1706-3.64452.60634.2657-4.37098.4058-0.07470.38260.1036-0.2461-0.4282-0.25470.14150.26830.49470.7545-0.02940.09730.6965-0.05781.153350.78412.4875-41.5968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 113 through 124 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 230 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 339 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 115 through 223 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 224 through 338 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 116 through 230 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 231 through 336 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 116 through 230 )D0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 231 through 337 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 115 through 161 )E0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 162 through 230 )E0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 231 through 337 )E0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 116 through 230 )F0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 231 through 338 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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