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- PDB-4l73: Ca2+-bound MthK RCK domain at 2.5 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l73
タイトルCa2+-bound MthK RCK domain at 2.5 Angstrom
要素Calcium-gated potassium channel MthK
キーワードMETAL TRANSPORT / Rossmann Fold / regulatory domain / calcium binding / membrane-associated
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. ...Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Smith, F.J. / Rothberg, B.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural basis of allosteric interactions among Ca(2+)-binding sites in a K(+) channel RCK domain.
著者: Smith, F.J. / Pau, V.P. / Cingolani, G. / Rothberg, B.S.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel MthK
B: Calcium-gated potassium channel MthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,19516
ポリマ－53,7752
非ポリマー42014
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.960, 67.960, 159.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-403-

CL

21B-519-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Calcium-gated potassium channel MthK


分子量: 26887.594 Da / 分子数: 2 / 断片: RCK domain (UNP residues 107-336) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 12% PEG4000, 1 M ammonium formate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, 1 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.506 Å / Num. all: 14924 / Num. obs: 14924 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.121
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.403 / % possible all: 89.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AEF

2aef


解像度: 2.5→39.506 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 743 5 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1808 14863 96.24 %-
all-14924 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.32 Å2 / Biso mean: 54.3949 Å2 / Biso min: 26.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3430 0 14 95 3539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0844690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9861316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.6930.34161320.25052575270790
2.693-2.96390.27951520.22952860301299
2.9639-3.39260.27181500.2012845299598
3.3926-4.27350.2031470.15472870301798
4.2735-39.51080.17851620.15352970313296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4195-1.45451.7577.7425-1.21015.5816-0.10350.5481-0.301-0.14330.09420.1937-0.0705-0.43050.01830.3608-0.08490.04820.5211-0.10180.416812.1245.81412.3952
26.09771.8737-5.52492.5339-1.26557.49090.2074-0.01520.37540.02640.0590.1664-0.2779-0.1478-0.14930.3481-0.0117-0.02080.3715-0.04110.429724.71619.588327.8733
36.8360.9887-3.98713.8946-0.31636.0945-0.05620.20890.1586-0.18750.045-0.3694-0.04810.2727-0.0280.3993-0.02230.00590.42710.04350.457840.746221.668213.1598
44.0342-1.5704-0.03616.4522-2.19415.4084-0.027-0.2149-0.19180.17450.12940.20990.0469-0.0569-0.10.34150.00560.03450.38270.06710.377213.151111.370643.3118
54.99490.71850.93733.53312.71032.9808-0.07180.1886-0.77510.06850.1891-0.2460.06530.2421-0.08990.3682-0.02010.03450.36360.07580.391527.524113.391124.1976
67.01650.9470.65996.3021.31327.56710.1151-0.26270.49830.26460.0085-0.0654-0.03180.4007-0.12060.3342-0.02890.00030.3596-0.00480.540139.897627.40234.6057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 115 through 230 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 231 through 268 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 338 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 115 through 230 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 231 through 268 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 269 through 336 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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