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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l6u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AF1868: Cmr1 subunit of the Cmr RNA silencing complex | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / ferredoxin | ||||||
機能・相同性 | CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, J. / Jeon, J.H. / Shin, M. / Shin, H.C. / Oh, B.H. / Kim, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and CRISPR RNA-binding site of the Cmr1 subunit of the Cmr interference complex 著者: Sun, J. / Jeon, J.H. / Shin, M. / Shin, H.C. / Oh, B.H. / Kim, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38016.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 20%(w/v) polyethyleneglycol 6000, 0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris, 60mM beta-mercaptoethanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→79.1 Å / Num. all: 24701 / Num. obs: 24479 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3549 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→79.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 48.1959 Å / Origin y: 42.9001 Å / Origin z: 59.702 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |