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- PDB-4l6u: Crystal structure of AF1868: Cmr1 subunit of the Cmr RNA silencin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6u
タイトルCrystal structure of AF1868: Cmr1 subunit of the Cmr RNA silencing complex
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / ferredoxin
機能・相同性: / Cmr1, C-terminal domain / CRISPR-associated protein TM1795 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / Cmr1 C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sun, J. / Jeon, J.H. / Shin, M. / Shin, H.C. / Oh, B.H. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and CRISPR RNA-binding site of the Cmr1 subunit of the Cmr interference complex
著者: Sun, J. / Jeon, J.H. / Shin, M. / Shin, H.C. / Oh, B.H. / Kim, J.S.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0342
ポリマ－76,0342
非ポリマー00
水905
1
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0171
ポリマ－38,0171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0171
ポリマ－38,0171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.695, 64.162, 79.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 38016.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_1868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28411
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 20%(w/v) polyethyleneglycol 6000, 0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris, 60mM beta-mercaptoethanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→79.1 Å / Num. all: 24701 / Num. obs: 24479 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3549 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→79.1 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.45 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 1317 4.99 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.2313 24395 96.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→79.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4633 0 0 5 4638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7026388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521717
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d0.002715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.814797
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.55120.38511370.3773260695
2.5512-2.60670.35241270.3409252795
2.6067-2.66730.37241500.3302257595
2.6673-2.7340.36361070.3288261396
2.734-2.80790.32951640.3034253096
2.8079-2.89060.30511370.2808256996
2.8906-2.98390.33431420.2698256997
2.9839-3.09050.33271400.2443262997
3.0905-3.21430.29511290.2431262797
3.2143-3.36050.28261280.2283259997
3.3605-3.53770.26421300.2268263297
3.5377-3.75940.26461410.2196261197
3.7594-4.04960.25371250.211259397
4.0496-4.45710.23271500.1942260697
4.4571-5.1020.19621350.1851262597
5.102-6.42750.23121360.2499257696
6.4275-79.14430.22231360.2202257396
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.1959 Å / Origin y: 42.9001 Å / Origin z: 59.702 Å
111213212223313233
T0.4219 Å2-0.0182 Å2-0.0348 Å2-0.3915 Å2-0.0789 Å2--0.5575 Å2
L0.824 °2-0.1736 °20.0129 °2-2.05 °2-1.0537 °2--3.2256 °2
S0.0579 Å °0.0018 Å °0.0351 Å °0.0931 Å °-0.1903 Å °-0.2192 Å °-0.0399 Å °0.5718 Å °0.1173 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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