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- PDB-4l6d: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase from Sphing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6d
タイトルCrystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase from Sphingomonas paucimobilis complexed with vanillic acid
要素5-carboxyvanillate decarboxylase
キーワードHYDROLASE / amidohydrolase fold / vanillic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / 5-carboxyvanillate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase from Sphingomonas paucimobilis complexed with vanillic acid
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5-carboxyvanillate decarboxylase
B: 5-carboxyvanillate decarboxylase
C: 5-carboxyvanillate decarboxylase
D: 5-carboxyvanillate decarboxylase
E: 5-carboxyvanillate decarboxylase
F: 5-carboxyvanillate decarboxylase
G: 5-carboxyvanillate decarboxylase
H: 5-carboxyvanillate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,51247
ポリマ－296,5708
非ポリマー5,94239
水62,2243454
1
A: 5-carboxyvanillate decarboxylase
H: 5-carboxyvanillate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,62012
ポリマ－74,1422
非ポリマー1,47710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
2
B: 5-carboxyvanillate decarboxylase
G: 5-carboxyvanillate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,73212
ポリマ－74,1422
非ポリマー1,58910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
3
C: 5-carboxyvanillate decarboxylase
F: 5-carboxyvanillate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,49011
ポリマ－74,1422
非ポリマー1,3479
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21880 Å2
手法PISA
4
D: 5-carboxyvanillate decarboxylase
E: 5-carboxyvanillate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,67112
ポリマ－74,1422
非ポリマー1,52810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.592, 96.917, 97.029
Angle α, β, γ (deg.)109.71, 90.53, 111.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
5-carboxyvanillate decarboxylase


分子量: 37071.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
遺伝子: ligW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RJ47

-
非ポリマー , 6種, 3493分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-VNL / 4-HYDROXY-3-METHOXYBENZOATE / vanillate


分子量: 167.139 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7O4
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 10000, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.449→37.219 Å / Num. all: 423754 / Num. obs: 423754 / % possible obs: 94.08 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ICM

4icm


解像度: 1.449→37.219 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 16.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1683 21271 5.02 %
Rwork0.1456 --
obs0.1468 423754 94.08 %
all-423754 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.449→37.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20872 0 342 3454 24668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16329856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6078123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0813241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.449-1.46530.27057230.237812560X-RAY DIFFRACTION88
1.4653-1.48250.24457010.227412900X-RAY DIFFRACTION91
1.4825-1.50060.25366910.217113007X-RAY DIFFRACTION91
1.5006-1.51960.246610.21713178X-RAY DIFFRACTION91
1.5196-1.53960.22367200.204113004X-RAY DIFFRACTION92
1.5396-1.56070.22326410.186313064X-RAY DIFFRACTION91
1.5607-1.5830.20687250.176913016X-RAY DIFFRACTION91
1.583-1.60660.20666600.168913075X-RAY DIFFRACTION92
1.6066-1.63170.19386820.166513000X-RAY DIFFRACTION92
1.6317-1.65840.19656460.161313161X-RAY DIFFRACTION92
1.6584-1.6870.19016900.155313217X-RAY DIFFRACTION92
1.687-1.71770.19677400.159913170X-RAY DIFFRACTION93
1.7177-1.75070.19687110.162513200X-RAY DIFFRACTION93
1.7507-1.78650.1936990.155413184X-RAY DIFFRACTION93
1.7865-1.82530.17677140.145513296X-RAY DIFFRACTION93
1.8253-1.86780.17076690.142513420X-RAY DIFFRACTION94
1.8678-1.91450.18317090.146113340X-RAY DIFFRACTION94
1.9145-1.96630.17657430.142813452X-RAY DIFFRACTION94
1.9663-2.02410.186920.139813539X-RAY DIFFRACTION95
2.0241-2.08940.16136460.132113663X-RAY DIFFRACTION96
2.0894-2.16410.14647020.126713690X-RAY DIFFRACTION96
2.1641-2.25070.15997190.136613782X-RAY DIFFRACTION96
2.2507-2.35320.16077350.136713791X-RAY DIFFRACTION97
2.3532-2.47720.16177860.141313883X-RAY DIFFRACTION97
2.4772-2.63240.16447580.142813827X-RAY DIFFRACTION97
2.6324-2.83560.16077310.143713929X-RAY DIFFRACTION98
2.8356-3.12080.16637530.143613974X-RAY DIFFRACTION98
3.1208-3.5720.15747330.139814004X-RAY DIFFRACTION98
3.572-4.49920.13137430.122814068X-RAY DIFFRACTION99
4.4992-37.23120.14517480.134514089X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37620.06970.03520.45080.00090.42390.00010.0197-0.039-0.0450.00790.02250.0497-0.0145-0.00330.0475-0.0116-0.00440.04960.00350.0468-47.196657.451346.7784
20.3852-0.0348-0.00940.3813-0.00310.377-0.004-0.0303-0.03120.02830.01150.03940.0441-0.0437-0.00350.0497-0.00930.00340.0570.00650.0433-49.192653.363991.9387
30.4729-0.0830.130.5348-0.02710.5217-0.0317-0.090.01840.05820.01970.0998-0.0422-0.11660.01190.05160.01480.01720.0966-0.00820.0837-63.872496.082294.7065
40.3739-0.07170.04690.45140.02170.355-0.01520.02070.034-0.02730.00130.0433-0.0365-0.04130.00940.0361-0.0003-0.00230.0540.00460.0589-62.072899.977250.0368
50.4281-0.07790.14960.3974-0.14110.8993-0.06220.02540.09310.0162-0.0178-0.0411-0.18710.10050.02790.0747-0.0376-0.0180.04940.01750.0867-33.0044114.110457.5531
60.4009-0.10710.1090.54520.03090.5194-0.0454-0.05450.05360.08710.0347-0.0598-0.04390.02260.00680.06330.0044-0.01710.0604-0.01420.0688-31.8974101.1654101.0951
70.4111-0.05860.02030.3836-0.02380.39070.0011-0.0215-0.00430.02180.0019-0.06260.02090.053-0.0010.04330.0028-0.00380.0555-0.00280.0567-16.965960.058888.6257
80.40840.06950.03830.5451-0.00750.3018-0.01610.0573-0.0262-0.06320.0211-0.08390.01120.05440.00510.0389-0.00920.01920.0771-0.00550.0635-18.27673.436445.0768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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