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- PDB-4l4v: Structure of human MAIT TCR in complex with human MR1-RL-6-Me-7-OH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l4v
タイトルStructure of human MAIT TCR in complex with human MR1-RL-6-Me-7-OH
要素
  • (MAIT T-cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
キーワードMembrane Protein/Immune System / MHC Class I-related protein / MAIT TCR / Immune System / Vitamin B metabolites / Membrane Protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1VY / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / TRA@ protein / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Patel, O. / Kjer-Nielsen, L. / Le Nours, J. / Eckle, S.B.G. / Birkinshaw, R.W. / Beddoe, T. / Corbett, A.J. / Liu, L. / Miles, J.J. / Meehan, B. ...Patel, O. / Kjer-Nielsen, L. / Le Nours, J. / Eckle, S.B.G. / Birkinshaw, R.W. / Beddoe, T. / Corbett, A.J. / Liu, L. / Miles, J.J. / Meehan, B. / Reantragoon, R. / Sandoval-Romero, M.L. / Sullivan, L.C. / Brooks, A.G. / Chen, Z. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Recognition of vitamin B metabolites by mucosal-associated invariant T cells.
著者: Patel, O. / Kjer-Nielsen, L. / Le Nours, J. / Eckle, S.B. / Birkinshaw, R. / Beddoe, T. / Corbett, A.J. / Liu, L. / Miles, J.J. / Meehan, B. / Reantragoon, R. / Sandoval-Romero, M.L. / ...著者: Patel, O. / Kjer-Nielsen, L. / Le Nours, J. / Eckle, S.B. / Birkinshaw, R. / Beddoe, T. / Corbett, A.J. / Liu, L. / Miles, J.J. / Meehan, B. / Reantragoon, R. / Sandoval-Romero, M.L. / Sullivan, L.C. / Brooks, A.G. / Chen, Z. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2013年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: MAIT T-cell receptor alpha chain
E: MAIT T-cell receptor beta chain
F: Beta-2-microglobulin
G: MAIT T-cell receptor alpha chain
H: MAIT T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,24613
ポリマ－187,3138
非ポリマー9335
水19,8531102
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
G: MAIT T-cell receptor alpha chain
H: MAIT T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1697
ポリマ－93,6564
非ポリマー5123
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: MAIT T-cell receptor alpha chain
E: MAIT T-cell receptor beta chain
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0776
ポリマ－93,6564
非ポリマー4202
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)218.370, 71.203, 144.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBF

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, residues 23-292 / 変異: C261S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769

-
MAIT T-cell receptor ... , 2種, 4分子 DGEH

#3: タンパク質 MAIT T-cell receptor alpha chain


分子量: 22650.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR alpha / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6P4G7*PLUS
#4: タンパク質 MAIT T-cell receptor beta chain


分子量: 27546.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR beta / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 1107分子

#5: 化合物 ChemComp-1VY / 1-deoxy-1-(7-hydroxy-6-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 7-ヒドロキシ-6-メチル-8-リビチルルマジン


分子量: 328.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N4O7
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射モノクロメーター: 0.9537 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→75.44 Å / Num. all: 169283 / Num. obs: 168903 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 23.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 24566 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PHASER
開始モデル: PDB entry 4GUP

4gup


解像度: 1.9→40.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9459 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 8503 5.03 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
all0.179 168903 --
obs0.179 168898 99.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5088 Å20 Å20.6683 Å2
2---5.4688 Å20 Å2
3---2.96 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.202 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12477 0 64 1102 13643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112952HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0317651HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5771SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes302HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1899HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12952HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1666SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14700SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 615 4.94 %
Rwork0.2132 11846 -
all0.214 12461 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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