PDB-4l4p: the mutant(E139A) structure in complex with xylotriose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4p

タイトル

the mutant(E139A) structure in complex with xylotriose

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / GH10 family / xylanase

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

An, J. / Feng, Y. / Wu, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with xylotriose
著者: An, J. / Feng, Y. / Wu, G.

履歴

登録	2013年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4p.cif.gz	157.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4p.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l4p_validation.pdf.gz	697.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l4p_full_validation.pdf.gz	702.3 KB	表示
XML形式データ	4l4p_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	4l4p_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l4oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ms8-2 3nj3-1 3mui-2 3msd-1 6d5c-2 3emq-d 1n82-1 6r6a-d 3u7b-4 1n82-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.303, 80.796, 115.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Endo-1,4-beta-xylanase

分子量: 41267.762 Da / 分子数: 1 / 変異: E139A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
株: DSM 6725 / 遺伝子: Athe_0185 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: B9MMA5, endo-1,4-beta-xylanase

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 % / Mosaicity: 0.406 °
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2011年12月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 31909 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	10.5	0.35	3104	1	1	99.6
1.97-2.05	10.5	0.295	3145	1.002	1	99.7
2.05-2.14	10.6	0.258	3131	1	1	99.8
2.14-2.25	10.6	0.233	3145	1.002	1	99.9
2.25-2.39	10.6	0.215	3167	0.996	1	100
2.39-2.58	10.7	0.208	3161	1.002	1	100
2.58-2.84	10.8	0.207	3202	1.004	1	100
2.84-3.25	10.8	0.202	3212	1.001	1	100
3.25-4.09	10.5	0.192	3232	1.002	1	100
4.09-50	10.2	0.184	3410	1.001	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→40.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.746 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25825	1608	5 %	RANDOM
R_work	0.21545	-	-	-
obs	0.21761	30241	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2762	0	28	138	2928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.168	1.953	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.905	3	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.634	23.893	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.34	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.795	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.603	1.092	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.603	1.091	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.096	1.633	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.096	1.635	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.591	1.176	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.591	1.176	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.048	1.731	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.467	8.76	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.467	8.763	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	124	-
R_work	0.244	2160	-
obs	-	-	98.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5105	-0.4396	0.4667	2.5559	-1.2408	1.375	0.1069	0.0528	0.1372	-0.7138	-0.2566	-0.1677	0.3762	0.203	0.1497	0.2591	0.071	0.0391	0.1735	0.0519	0.1697	10.0258	-11.337	-18.5682
2	0.3776	-0.2746	0.2387	1.7101	-0.4437	0.5762	0.0089	-0.015	0.0804	-0.2406	-0.09	-0.0074	0.0722	0.0425	0.081	0.1345	-0.0031	-0.0038	0.1756	0.0214	0.1869	7.8069	-11.137	-10.744
3	41.244	0.4596	26.9824	19.9063	-6.4854	19.972	-1.0339	-1.2469	1.7765	-0.9236	0.2231	0.9615	-0.3889	-0.8947	0.8107	0.1894	0.0141	0.0372	0.0527	-0.0504	0.2491	1.4922	-5.2965	-18.47

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	501 - 638
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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