PDB-4l4o: The crystal structure of CbXyn10B in native form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4o

タイトル

The crystal structure of CbXyn10B in native form

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キシラナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / GH10 family /

xylanase (キシラナーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity /

キシラナーゼ / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

An, J. / Feng, Y. / Wu, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with xylotriose
著者: An, J. / Feng, Y. / Wu, G.

履歴

登録	2013年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4o.cif.gz	151.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4o.ent.gz	120 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l4pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n3i-d 5y3x-2 5y3x-6 1n82-2 5o5m-d 1rej-d 5ofl-d 5y3x-5 1xh6-1 1xh8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.701, 78.801, 115.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase / キシラナーゼ分子量: 41325.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア) 株: DSM 6725 / 遺伝子: Athe_0185 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: B9MMA5, キシラナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2011年12月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 25400 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.12	14.2	0.435	2502	0.999	1	100
2.12-2.21	14.2	0.349	2482	1.001	1	100
2.21-2.31	14.2	0.289	2493	0.998	1	100
2.31-2.43	14.3	0.241	2521	1.001	1	100
2.43-2.58	14.3	0.21	2503	1.003	1	100
2.58-2.78	14.4	0.175	2512	1.001	1	100
2.78-3.06	14.3	0.148	2548	1	1	100
3.06-3.51	14.3	0.133	2552	0.998	1	100
3.51-4.42	13.7	0.108	2570	1.001	1	99.8
4.42-50	13.3	0.094	2717	0.999	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 8.489 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23557	1292	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18834	-	-	-
obs	0.19068	24052	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.105 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2776	0	8	87	2871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.115	1.944	3855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.034	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.524	23.933	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.305	15	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.878	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.048→2.101 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	88	-
R_work	0.212	1576	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2247	-0.0587	0.2699	0.5393	-0.3214	0.5395	0.0248	0.0309	0.0417	-0.1207	-0.0816	-0.0314	0.0779	0.078	0.0568	0.0295	0.0244	0.0108	0.0381	0.0244	0.037	9.9365	-11.0559	-18.3987
2	205.7394	23.0144	-9.1115	55.344	4.1285	0.9057	0.9259	-1.175	2.8198	0.1019	-0.8959	0.7514	-0.0383	-0.0281	-0.0299	0.1384	0.0679	0.0581	0.1766	-0.0045	0.2031	6.3411	-6.2384	-18.0144
3	0.2683	0.0039	0.169	0.5756	-0.2398	0.6349	0.008	-0.0184	0.0497	-0.036	-0.0697	0.0349	0.0036	0.0168	0.0617	0.0067	0.0071	0.0038	0.0127	-0.0019	0.0266	5.0951	-10.204	-11.5601
4	0.0065	-0.0101	0.0352	0.7599	-0.1331	0.2003	0.0028	0.0073	0.004	-0.1116	-0.0196	0.0391	0.0442	0.0443	0.0168	0.0199	0.0073	-0.0027	0.0216	0.0143	0.0129	5.4462	-9.9843	-16.4371
5	0.108	-0.0646	0.1337	0.5089	-0.5666	0.6726	-0.0241	-0.012	0.1197	-0.0726	-0.0651	-0.0281	0.0674	0.0469	0.0893	0.1221	0.0359	0.0016	0.0585	0.0256	0.1928	7.6799	-9.949	-16.1592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 339
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	501 - 536
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	537 - 567
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	568 - 587

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)