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- PDB-4l4m: Structural Analysis of a Phosphoribosylated Inhibitor in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l4m
タイトルStructural Analysis of a Phosphoribosylated Inhibitor in Complex with Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Transferase / Inhibitor / active site / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / : / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / : / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / nuclear speck / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1XD / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.445 Å
データ登録者Oh, A. / Ho, Y. / Zak, M. / Liu, Y. / Yuen, P. / Zheng, X. / Dragovich, S.P. / Wang, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical analyses of the catalysis and potency impact of inhibitor phosphoribosylation by human nicotinamide phosphoribosyltransferase.
著者: Oh, A. / Ho, Y.C. / Zak, M. / Liu, Y. / Chen, X. / Yuen, P.W. / Zheng, X. / Liu, Y. / Dragovich, P.S. / Wang, W.
履歴
登録2013年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,24410
ポリマ－113,8852
非ポリマー1,3598
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.579, 107.056, 82.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 56942.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-1XD / N-{4-[(3,5-difluorophenyl)sulfonyl]benzyl}imidazo[1,2-a]pyridine-7-carboxamide


分子量: 427.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15F2N3O3S
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM ligand compound, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, ...詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM ligand compound, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月3日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.445→50 Å / Num. all: 38931 / Num. obs: 37802 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.445→37.098 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.66 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 3614 4.98 %5% random
Rwork0.2079 ---
all0.2101 39746 --
obs0.2101 37652 94.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 10.159 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.0574 Å20 Å27.2632 Å2
2--11.2776 Å20 Å2
3---8.7852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.445→37.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7524 0 88 269 7881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70110555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7042855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4453-2.47750.41321280.32532568X-RAY DIFFRACTION94
2.4775-2.51140.38311500.31292691X-RAY DIFFRACTION93
2.5114-2.54730.311530.29742562X-RAY DIFFRACTION93
2.5473-2.58530.37441240.29842583X-RAY DIFFRACTION93
2.5853-2.62570.33091240.31632633X-RAY DIFFRACTION92
2.6257-2.66870.36311620.29412617X-RAY DIFFRACTION94
2.6687-2.71470.34861140.29392555X-RAY DIFFRACTION93
2.7147-2.76410.32941150.3112580X-RAY DIFFRACTION90
2.7641-2.81720.37161240.30412437X-RAY DIFFRACTION89
2.8172-2.87470.43861540.27982663X-RAY DIFFRACTION94
2.8747-2.93720.26311350.25032703X-RAY DIFFRACTION96
2.9372-3.00550.28081060.21892770X-RAY DIFFRACTION97
3.0055-3.08060.22181540.21232713X-RAY DIFFRACTION97
3.0806-3.16390.24451430.2062663X-RAY DIFFRACTION96
3.1639-3.25690.27731750.22082639X-RAY DIFFRACTION97
3.2569-3.3620.23111460.21582757X-RAY DIFFRACTION96
3.362-3.48210.22121360.17612638X-RAY DIFFRACTION96
3.4821-3.62140.16661350.18462713X-RAY DIFFRACTION96
3.6214-3.7860.19531620.17192641X-RAY DIFFRACTION95
3.786-3.98540.22691460.16382620X-RAY DIFFRACTION93
3.9854-4.23480.23851180.16912544X-RAY DIFFRACTION92
4.2348-4.56120.21361330.14542759X-RAY DIFFRACTION98
4.5612-5.01920.19341380.14752756X-RAY DIFFRACTION98
5.0192-5.74320.22021360.17332731X-RAY DIFFRACTION98
5.7432-7.22710.24031700.20382660X-RAY DIFFRACTION96
7.2271-37.1020.20191330.17962715X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5098 Å / Origin y: 1.0711 Å / Origin z: 22.4897 Å
111213212223313233
T-0.0362 Å2-0.0147 Å2-0.0121 Å2--0.0314 Å20.024 Å2---0.0532 Å2
L0.1113 °20.0248 °20.0202 °2-0.1169 °20.0177 °2--0.0657 °2
S0.0243 Å °-0.0502 Å °0.0322 Å °-0.0461 Å °0.001 Å °-0.1158 Å °-0.0111 Å °0.1041 Å °0.045 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A or chain B or chain S or chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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