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- PDB-4l44: Crystal structures of human p70S6K1-T389A (form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l44
タイトルCrystal structures of human p70S6K1-T389A (form II)
要素RPS6KB1 protein
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of D-glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / response to glucagon / positive regulation of smooth muscle cell migration ...long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of D-glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / response to glucagon / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to testosterone / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / phosphatidylinositol-mediated signaling / skeletal muscle contraction / behavioral fear response / TOR signaling / response to tumor necrosis factor / positive regulation of translational initiation / long-term memory / response to glucose / response to mechanical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / response to nutrient levels / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of translation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / PDZ domain binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / cellular response to insulin stimulus / G1/S transition of mitotic cell cycle / cell migration / peptidyl-serine phosphorylation / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / postsynapse / response to lipopolysaccharide / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5FI / Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / Ribosomal protein S6 kinase beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, J. / Zhong, C. / Ding, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of S6K1 provide insights into the regulation mechanism of S6K1 by the hydrophobic motif
著者: Wang, J. / Zhong, C. / Wang, F. / Qu, F. / Ding, J.
履歴
登録2013年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RPS6KB1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6786
ポリマ－38,9341
非ポリマー7445
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.961, 77.961, 113.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RPS6KB1 protein / Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / Ribosomal protein S6 kinase / 70kDa / polypeptide 1 / isoform CRA_c


分子量: 38933.910 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-417 / 変異: T389A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1, hCG_1815774 / プラスミド: pFastBacHTB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Spodoptera frugiperda / 参照: UniProt: Q7Z721, UniProt: P23443*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-5FI / 2-{[4-(5-ethylpyrimidin-4-yl)piperazin-1-yl]methyl}-5-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole / PF-4708671


分子量: 390.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21F3N6
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 % / Mosaicity: 0.564 °
結晶化温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2M lithium sulfate, 0.05M magnesium sulfate, 0.05M HEPES, pH 7.2, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: CCD ADSC unsupported-q315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 12.85 / 数: 37254 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 1.51 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 9546 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.245097.510.0931.9363.6
4.966.2498.610.0961.723.7
4.334.9697.310.1032.053.7
3.944.339810.111.8163.8
3.653.9498.510.1351.7533.9
3.443.6599.410.1621.5594
3.273.4499.910.1931.3264.1
3.123.2799.910.2371.1544.1
33.1210010.2931.0394.1
2.9399.710.3760.9314.1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 9546 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 1.513 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-34.10.3769320.931199.7
3-3.124.10.2939411.0391100
3.12-3.274.10.2379571.154199.9
3.27-3.444.10.1939511.326199.9
3.44-3.6540.1629331.559199.4
3.65-3.943.90.1359481.753198.5
3.94-4.333.80.119411.816198
4.33-4.963.70.1039562.05197.3
4.96-6.243.70.0969541.72198.6
6.24-503.60.09310331.936197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 42.571 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2978 475 5.2 %RANDOM
Rwork0.2432 ---
obs0.2459 9135 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 163 Å2 / Biso mean: 39.5494 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20.67 Å20 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2558 0 44 0 2602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9893576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2215317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42723.59117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9515482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1471517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7581.51590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.54622547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69731066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5394.51029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.64632656
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 42 -
Rwork0.276 613 -
all-655 -
obs--98.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -40.2677 Å / Origin y: 21.1161 Å / Origin z: 9.8834 Å
111213212223313233
T0.1134 Å2-0.0061 Å2-0.0029 Å2-0.0588 Å2-0.0191 Å2--0.0159 Å2
L0.8218 °20.1619 °2-0.4684 °2-0.2648 °2-0.2655 °2--0.3991 °2
S0.0339 Å °0.036 Å °-0.0147 Å °-0.058 Å °-0.0301 Å °0.0229 Å °0.0241 Å °0.0137 Å °-0.0039 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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