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- PDB-4l36: Crystal structure of the cytochrome P450 enzyme TxtE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l36
タイトルCrystal structure of the cytochrome P450 enzyme TxtE
要素Putative P450-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Direct nitration / indolyl / L-tryptophan / L-4-nitrotryptophan / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
4-nitrotryptophan synthase / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / IMIDAZOLE / Putative P450-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces scabiei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Yu, F. / Li, M.J. / Xu, C.Y. / Wang, Z.J. / Zhou, H. / Yang, M. / Chen, Y.X. / Tang, L. / He, J.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into the Mechanism for Recognizing Substrate of the Cytochrome P450 Enzyme TxtE.
著者: Yu, F. / Li, M.J. / Xu, C.Y. / Wang, Z.J. / Zhou, H. / Yang, M. / Chen, Y.X. / Tang, L. / He, J.H.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative P450-like protein
B: Putative P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4537
ポリマ－94,0092
非ポリマー1,4445
水6,107339
1
A: Putative P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7614
ポリマ－47,0041
非ポリマー7573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative P450-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6923
ポリマ－47,0041
非ポリマー6882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.316, 52.595, 88.245
Angle α, β, γ (deg.)77.76, 82.17, 68.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative P450-like protein / TxtE


分子量: 47004.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabiei (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_31831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9ZDC6
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% MPD, 20% PEG 6000, imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 43778 / Num. obs: 42259 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 5.48 / Num. unique all: 2070 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.104→39.719 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 2053 5.05 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
all0.1984 43778 --
obs0.1984 40644 92.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.104→39.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6133 0 101 339 6573
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2558777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0492329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041151
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1042-2.15320.2671000.2306194070
2.1532-2.2070.26291190.2396221280
2.207-2.26670.2723940.2393239787
2.2667-2.33340.26911610.229262894
2.3334-2.40870.26571600.2291263597
2.4087-2.49470.25571400.2242268597
2.4947-2.59460.27941470.2236269597
2.5946-2.71270.30851600.2174267197
2.7127-2.85560.26651470.2088269797
2.8556-3.03450.23331380.2031272998
3.0345-3.26870.24761340.1924271997
3.2687-3.59740.22521320.185269497
3.5974-4.11750.19571360.1641267997
4.1175-5.18580.17181520.1646261094
5.1858-39.72570.23651330.1871260094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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