[日本語] English
万見
- PDB-4l2x: Crystal structure of human FPPS in complex with magnesium, CL0213... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l2x
タイトルCrystal structure of human FPPS in complex with magnesium, CL02134, and inorganic pyrophosphate
要素Farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Chem-YL2 / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Park, J. / Leung, C.-Y. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Thienopyrimidine Bisphosphonate (ThPBP) Inhibitors of the Human Farnesyl Pyrophosphate Synthase: Optimization and Characterization of the Mode of Inhibition.
著者: Leung, C.Y. / Park, J. / De Schutter, J.W. / Sebag, M. / Berghuis, A.M. / Tsantrizos, Y.S.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8356
ポリマ－43,1451
非ポリマー6905
水27015
1
F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,67012
ポリマ－86,2902
非ポリマー1,38010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area25320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.340, 111.340, 68.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ


分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-YL2 / ({[6-(4-cyclopropylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}methanediyl)bis(phosphonic acid) / [[[6-(4-シクロプロピルフェニル)チエノ[2,3-d]ピリミジン-4-イル]アミノ]メチレン]ビスホスホン酸


分子量: 441.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG8000, 20% glycerol, 0.16 M magnesium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月5日
放射モノクロメーター: ACCEL/Bruker DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 14627 / Num. obs: 14376 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.48 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 9.52 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 6.07 / Num. unique all: 1069 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.7.0032位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4H5D

4h5d


解像度: 2.55→35.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 12.554 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 704 5 %RANDOM
Rwork0.20083 ---
all0.20355 13394 --
obs0.20355 13394 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.17 Å20 Å20 Å2
2---6.17 Å20 Å2
3---12.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2687 0 40 15 2742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9813795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8513.0015858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.185345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46124.64125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07315439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0661512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02642
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.619 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 53 -
Rwork0.34 842 -
obs-895 85.32 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る