PDB-4l2j: Crystal Structure of Osmotin, an antifungal laticifer protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l2j

タイトル

Crystal Structure of Osmotin, an antifungal laticifer protein

要素

Osmotin: antifungal laticifer protein

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / Osmotin-like proteins / laticifer proteins / pathogen related protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Calotropis procera (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Moreno, F.B.M.B. / de Oliveira, R.S.B. / de Azevedo Moreira, R. / Lobo, M.D.P. / de Freitas, C.D.T. / Ramos, M.V. / Grangeiro, T.B. / Brandao Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Monteiro-Moreira, A.C.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an antifungal laticifer protein
著者: Moreno, F.B.M.B. / de Oliveira, R.S.B. / de Azevedo Moreira, R. / Lobo, M.D.P. / de Freitas, C.D.T. / Ramos, M.V. / Grangeiro, T.B. / Monteiro-Moreira, A.C.O.

履歴

登録	2013年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l2j.cif.gz	95.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l2j.ent.gz	73.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/4l2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/4l2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1pcv-2 1cns-1 4uro-1 5t3g-d 4zxr-d 4dj1-d 2i0w-d 5d7c-2 1pcv-1 3pyw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Osmotin: antifungal laticifer protein

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.590, 95.590, 79.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-480- HOH

詳細

monomer is observed in solution

#1: タンパク質	Osmotin: antifungal laticifer protein 分子量: 22377.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: laticifer protein / 由来: (天然) Calotropis procera (植物) / 参照: UniProt: A0A067XG70*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES buffer , 35% MPD, 0.7 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.608 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	モノクロメーター: Toroidal Grating Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.608 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→29.101 Å / Num. obs: 25540 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→29.101 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.84 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	1416	5.03 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1829	25540	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→29.101 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1557	0	0	192	1749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.175	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.361	578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6102-1.6677	0.2562	127	0.2249	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6677-1.7345	0.2429	135	0.2064	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7345-1.8134	0.2344	150	0.1937	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8134-1.909	0.2096	135	0.1806	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-2.0286	0.1818	121	0.1713	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0286-2.1851	0.1981	151	0.1702	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1851-2.4049	0.2131	154	0.1758	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4049-2.7527	0.2222	142	0.1845	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7527-3.4672	0.2233	159	0.1765	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4672-29.1053	0.2137	142	0.1816	2894	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0975	-0.5052	-1.9913	0.2153	0.3079	0.9794	-0.1801	0.2912	-0.549	-0.0158	-0.0103	0.0117	0.0858	-0.1259	0.183	0.2035	-0.02	0.0598	0.2031	-0.0368	0.3165	-0.8133	25.4011	-6.3004
2	1.8466	0.1015	-0.7963	1.1827	0.0927	2.0536	-0.2203	0.45	-0.9092	-0	-0.0178	0.1636	0.2821	-0.1877	0.3019	0.232	-0.0239	0.104	0.2029	-0.0485	0.418	-3.6657	20.5773	-5.7798
3	1.4811	1.0479	-0.4049	0.8818	0.1756	0.6844	-0.1355	0.0722	-1.3727	0.3862	-0.0821	0.0752	0.3912	0.1275	0.1352	0.2772	0.0133	0.0871	0.1599	0.1183	0.4329	0.3704	21.4565	2.8909
4	1.5846	-0.2267	-1.6082	2.5379	-0.0602	2.3857	-0.3844	-0.582	-0.707	0.4685	0.0777	-0.3949	0.3197	0.1216	0.4162	0.347	0.0408	0.0077	0.3241	0.1886	0.473	4.8648	20.1183	5.817
5	2.5698	-0.1727	-1.1195	0.7754	0.5293	0.1708	-0.0651	-0.2319	-0.2468	0.1385	-0.0293	0.0801	0.0008	0.1138	0.0891	0.1811	-0.0001	0.0174	0.2255	0.0223	0.1915	-4.5283	35.0022	3.2304
6	4.7614	-4.7248	-3.2154	6.4966	1.0727	4.5816	0.0932	0.4253	0.3076	-0.3755	-0.2234	0.6591	-0.657	-0.1556	-0.0025	0.2483	0.0196	-0.0545	0.2447	0.0143	0.2661	-13.7034	42.32	-4.5966
7	2.7231	-0.0937	-0.4059	0.8412	-0.1953	0.13	0.162	-0.5777	-0.0312	0.1326	-0.0253	-0.1427	0.1258	0.0808	-0.1001	0.1966	-0.0216	-0.0211	0.3592	-0.0146	0.2331	12.3897	38.8325	4.4749
8	2.657	-0.732	-0.3893	2.011	0.4651	2.0801	0.1141	-0.7347	0.3123	0.394	0.0806	0.0054	-0.2884	0.2374	-0.1871	0.2764	-0.0287	0.0173	0.4043	-0.0813	0.2887	8.5209	46.4501	8.2952
9	2.9664	0.3669	2.3914	2.3337	1.7253	2.8364	0.2439	-0.7843	0.8749	0.2362	-0.0781	0.483	-0.9931	-0.6662	-0.1817	0.356	-0.0092	0.0703	0.4196	-0.0699	0.3231	-0.286	45.2457	5.4975
10	0.1231	0.1178	0.0611	0.2424	0.0959	-0.019	-0.0963	0.159	-0.2259	0.0237	-0.0604	0.0871	0.0388	0.0085	0.1203	0.1807	-0.0023	0.0264	0.2426	-0.0087	0.2571	-8.9378	35.0083	-4.5575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:19 )	A	2 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 20:35 )	A	20 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 36:58 )	A	36 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 59:76 )	A	59 - 76
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 77:112 )	A	77 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 113:122 )	A	113 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 123:156 )	A	123 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 157:174 )	A	157 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 175:189 )	A	175 - 189
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 190:206 )	A	190 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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