+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l2j | ||||||
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Title | Crystal Structure of Osmotin, an antifungal laticifer protein | ||||||
Components | Osmotin: antifungal laticifer protein | ||||||
Keywords | ANTIFUNGAL PROTEIN / Osmotin-like proteins / laticifer proteins / pathogen related protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Calotropis procera (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61 Å | ||||||
Authors | Moreno, F.B.M.B. / de Oliveira, R.S.B. / de Azevedo Moreira, R. / Lobo, M.D.P. / de Freitas, C.D.T. / Ramos, M.V. / Grangeiro, T.B. / Brandao Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Monteiro-Moreira, A.C.O. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of an antifungal laticifer protein Authors: Moreno, F.B.M.B. / de Oliveira, R.S.B. / de Azevedo Moreira, R. / Lobo, M.D.P. / de Freitas, C.D.T. / Ramos, M.V. / Grangeiro, T.B. / Monteiro-Moreira, A.C.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4l2j.cif.gz | 91.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4l2j.ent.gz | 75.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4l2j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4l2j_validation.pdf.gz | 421 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4l2j_full_validation.pdf.gz | 423 KB | Display | |
Data in XML | 4l2j_validation.xml.gz | 11.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4l2j_validation.cif.gz | 16.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/4l2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/4l2j | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | monomer is observed in solution |
-Components
#1: Protein | Mass: 22377.971 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: laticifer protein / Source: (natural) Calotropis procera (plant) / References: UniProt: A0A067XG70*PLUS |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES buffer , 35% MPD, 0.7 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 1.608 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL |
Radiation | Monochromator: Toroidal Grating Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.608 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.61→29.101 Å / Num. obs: 25540 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / % possible all: 83.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61→29.101 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.84 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.271 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.61→29.101 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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