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万見
- PDB-4l2i: Electron transferring flavoprotein of Acidaminococcus fermentans:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l2i
タイトルElectron transferring flavoprotein of Acidaminococcus fermentans: Towards a mechanism of flavin-based electron bifurcation
要素(Electron transfer flavoprotein ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / FAD / electron transferring flavoprotein (Etf) / butyryl-CoA dehydrogenase / ferredoxin / NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain / Electron transfer flavoprotein domain / TPP-binding domain ...Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain / Electron transfer flavoprotein domain / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Electron transfer flavoprotein small subunit / Electron transfer flavoprotein alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Mowafy, A.M. / Chowdhury, N.P. / Demmer, J. / Upadhyay, V. / Kolzer, S. / Jayamani, E. / Kahnt, J. / Demmer, U. / Ermler, U. / Buckel, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Studies on the Mechanism of Electron Bifurcation Catalyzed by Electron Transferring Flavoprotein (Etf) and Butyryl-CoA Dehydrogenase (Bcd) of Acidaminococcus fermentans.
著者: Chowdhury, N.P. / Mowafy, A.M. / Demmer, J.K. / Upadhyay, V. / Koelzer, S. / Jayamani, E. / Kahnt, J. / Hornung, M. / Demmer, U. / Ermler, U. / Buckel, W.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Electron transfer flavoprotein alpha subunit
B: Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6316
ポリマ－66,3612
非ポリマー2,2704
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.520, 84.790, 106.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Electron transfer flavoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Electron transfer flavoprotein alpha subunit


分子量: 37932.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
株: DSM 20731 / 遺伝子: Acfer_0556 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2RIQ3
#2: タンパク質 Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit


分子量: 28428.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus fermentans (バクテリア)
株: DSM 20731 / 遺伝子: Acfer_0555 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2RIQ2

-
非ポリマー , 4種, 519分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris-Prop pH 7.5, 0.2M Sodium Formiat, 0.1M NaCl, 5mM NaDH, 1mM FAD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 127800 / Num. obs: 124710 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→45.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.943 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20772 6099 5 %RANDOM
Rwork0.15012 ---
obs0.15296 115322 95.08 %-
all-124710 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4561 0 134 515 5210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0194827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3632.0096569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003310676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3735609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98525.181193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26915832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2811524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.00139442
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.7835127
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.38659740
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 481 -
Rwork0.245 8376 -
obs--94.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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