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- PDB-4l1y: Crystal structure of Cimex nitrophorin A21V mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l1y
タイトルCrystal structure of Cimex nitrophorin A21V mutant
要素Salivary nitrophorin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta sandwich / ferric heme / thiolate heme ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


vasodilation in another organism / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol dephosphorylation / nitric oxide transport / iron ion binding / heme binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2 / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitrophorin Cim l NP
類似検索 - 構成要素
生物種Cimex lectularius (トコジラミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Badgandi, H.B. / Weichsel, A. / Montfort, W.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Proximal Cysteine Protonation in Cimex Nitrophorin is key to efficient NO transport and release.
著者: Badgandi, H.B. / Hazzard, J.T. / Weichsel, A. / Tollin, G. / Montfort, W.R.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salivary nitrophorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2472
ポリマ－31,6301
非ポリマー6161
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.959, 42.228, 65.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Salivary nitrophorin


分子量: 31630.396 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 23-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cimex lectularius (トコジラミ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O76745
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月17日 / 詳細: bent Si-mirror
放射モノクロメーター: diamond (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→29.35 Å / Num. all: 212447 / Num. obs: 37021 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.45 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.42 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 3858 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
REFMAC5.7.003精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
REFMAC5.7.003位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1NTF

1ntf


解像度: 1.55→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.24 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25896 1957 5 %RANDOM
Rwork0.21955 ---
all0.22154 212447 --
obs0.22154 37021 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.939 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.16 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.236 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 43 224 2496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.022328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1331.9793175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99434995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8995279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36125.288104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70415398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.019158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02532
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 128 -
Rwork0.311 2721 -
obs-2721 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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