[日本語] English
万見
- PDB-4l1r: Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-En... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l1r
タイトルGlycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-Entry mutant, low-pH
要素Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN / Coiled-Coil / envelope glycoprotein / membrane fusion / rate of entry / entry rate / Pleckstrin homology domain / Viral Entry / Heparan sulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.0255 Å
データ登録者Stampfer, S.D. / Heldwein, E.E.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,01811
ポリマ－157,8072
非ポリマー2,2129
水55831
1
A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,69018
ポリマ－236,7103
非ポリマー3,98015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area40790 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area80310 Å2
手法PISA
2
B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,36415
ポリマ－236,7103
非ポリマー2,65412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area39760 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area78920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.432, 117.432, 160.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB / gB-1 / gB1


分子量: 78903.320 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain (UNP residues 30 to 730) / 変異: A549T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
株: KOS / 遺伝子: gB, UL27 / プラスミド: PVT-BAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P06437
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE ...AUTHORS STATE THAT HSV-1 STRAIN KOS SEQUENCE IN THE UNP DATABASE CONTAINS THREE MUTATIONS RELATIVE TO SEQUENCES OF OTHER STRAINS OF HSV-1 AND HSV-2. THEIR SEQUENCE WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE OF HSV-1 KOS GB FROM PLASMID PKBXX (S. PERSON) AND DOES NOT CONTAIN THESE MUTATIONS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.3 M NaCl, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→50 Å / Num. all: 48338 / Num. obs: 48077 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3.02-3.134.3196
3.13-3.256.4199.80.821
3.25-3.4811000.637
3.4-3.588.611000.427
3.58-3.88.611000.285
3.8-4.18.511000.18
4.1-4.518.611000.12
4.51-5.168.611000.092
5.16-6.58.811000.086
6.5-508.711000.048

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1391精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.0255→48.473 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8016 / SU ML: 0.46 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 2261 5.02 %
Rwork0.2007 42746 -
obs0.2028 45007 93.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 253.68 Å2 / Biso mean: 99.743 Å2 / Biso min: 36.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0255→48.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9761 0 141 31 9933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87713836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9533684
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0255-3.09120.37811110.3622072218372
3.0912-3.16310.35031300.32112358248882
3.1631-3.24220.3931270.30112435256286
3.2422-3.32990.36581360.29842535267188
3.3299-3.42780.36681380.27122631276991
3.4278-3.53840.28651480.25432633278193
3.5384-3.66480.34311480.23942717286595
3.6648-3.81150.26811480.22612749289796
3.8115-3.98490.22341480.19462769291796
3.9849-4.19490.23231470.18052781292898
4.1949-4.45750.18891490.162805295498
4.4575-4.80140.20721470.15452822296999
4.8014-5.28410.15681410.15752876301799
5.2841-6.04750.25841550.18492855301099
6.0475-7.61440.24271430.19952854299799
7.6144-48.47890.19981450.17332854299999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2842-0.1425-0.16370.4220.01373.73210.00320.00990.0072-0.05310.0619-0.1074-0.6248-0.0548-0.03990.3284-0.07010.00390.35850.04050.639561.2339-29.151155.2326
22.0163-0.6885-0.32033.1778-0.68383.7845-0.18250.19620.3229-0.37960.31940.2087-1.4544-1.1981-0.0191.41520.2245-0.13291.06390.10040.61547.2506-23.1545-14.7085
31.9971-0.19991.32572.14320.82611.4147-0.19820.34620.3617-0.36080.19080.5233-0.8972-2.10130.01591.15120.3607-0.1492.02540.20810.715139.8516-28.8868-12.2563
41.0533-0.0027-0.67320.81341.74582.77060.12830.31640.311-0.6605-0.2014-0.0265-2.0439-0.67770.20851.3910.2926-0.0290.54340.12260.735150.701-12.176821.6546
50.8627-0.1208-0.02540.20230.14343.2222-0.0798-0.19330.03010.16490.0034-0.0851-0.50760.08510.10320.485-0.0976-0.04980.3261-0.04860.637764.6159-30.96480.3796
63.09580.9408-1.72132.20960.31913.7566-0.41-0.5981-0.00990.14470.32810.25680.4265-0.2448-0.04340.96990.17560.03340.8420.23070.797163.8731-54.9259110.7369
70.06840.09740.47570.1797-0.70315.6212-0.01750.1128-0.2144-0.2190.00970.02411.81620.50420.13090.75130.15380.02030.498-0.07820.676961.0642-45.914135.0869
82.75380.95010.21865.0899-2.34022.7219-0.11190.28210.334-0.0903-0.07470.0726-0.410.36090.18430.6734-0.0652-0.01290.71860.03430.803374.773545.055461.5912
90.141-0.09741.07920.71080.77824.54480.0721-0.351-0.0940.5777-0.00380.08691.5774-1.61970.00341.0856-0.34130.13391.00970.07180.652148.256223.0609161.1665
100.87240.56351.48112.11160.88863.06450.0775-0.6856-0.68870.0827-0.2951-0.14042.6541-1.6868-0.0582.6587-0.6643-0.04660.87860.090.513948.84638.5963158.1544
110.25880.10090.20910.37260.05793.9483-0.0614-0.0659-0.27260.0421-0.1544-0.10641.3409-0.21670.23480.75260.00380.00830.29540.00110.654857.737117.1728105.7332
126.8505-0.9974-0.03463.2692-0.51953.03090.16731.17580.6482-0.6491-0.0779-0.2537-0.29340.4770.04340.9892-0.24270.06060.91970.20860.876472.856555.009749.8084
130.4660.0705-0.66410.0682-0.71434.1004-0.0939-0.01640.19660.1968-0.11990.0376-1.29910.07460.12070.7769-0.086-0.03420.297-0.0280.703560.48449.4685103.3964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 103 through 174 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 226 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 227 through 263 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 264 through 447 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 448 through 612 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 613 through 658 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 659 through 724 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 103 through 130 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 131 through 294 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 295 through 355 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 356 through 572 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 573 through 629 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 630 through 724 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る