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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kzs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the secreted protein HP1454 from the human pathogen Helicobacter pylori | ||||||
![]() | LPP20 lipofamily protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Helicobacter pylori / secreted proteins / outer membrane / Tol-Pal system / Three-helix bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() Double Stranded RNA Binding Domain - #710 / Helix Hairpins - #1870 / Acetamidase/Formamidase-like domains / Lipoprotein LPP20-like / LPP20 lipoprotein / Endonuclease I-creI / Helix Hairpins / Double Stranded RNA Binding Domain / Helix non-globular / Special ...Double Stranded RNA Binding Domain - #710 / Helix Hairpins - #1870 / Acetamidase/Formamidase-like domains / Lipoprotein LPP20-like / LPP20 lipoprotein / Endonuclease I-creI / Helix Hairpins / Double Stranded RNA Binding Domain / Helix non-globular / Special / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Quarantini, S. / Cendron, L. / Fischer, W. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the secreted protein HP1454 from the human pathogen Helicobacter pylori. 著者: Quarantini, S. / Cendron, L. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32019.309 Da / 分子数: 1 / 変異: V10M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CCUG 17874 / 遺伝子: hp1454, OUO_1490 / プラスミド: HP1454-pET151 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-1PE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Sodium Acetate, and 2.0 M Ammonium Sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月5日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.7→60.54 Å / Num. all: 12784 / Num. obs: 12784 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.3 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1854 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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