ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CBASS | | データ収集 | PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: UUCGG RNA duplex idealized structure 解像度: 2.35→35.193 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2393 | 446 | 9.65 % | Random |
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Rwork | 0.1949 | - | - | - |
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obs | 0.1994 | 4621 | 99.23 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.193 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 712 | 7 | 85 | 804 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.004 | 792 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.776 | 1230 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d10.568 | 400 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.031 | 168 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 34 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.35-2.6849 | 0.417 | 157 | 0.3019 | 1347 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.6849-3.3822 | 0.2716 | 138 | 0.2352 | 1374 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.3822-35.1971 | 0.1852 | 151 | 0.1517 | 1454 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.3824 | -0.1885 | 0.2627 | 0.3011 | 0.1451 | 0.449 | 0.2652 | -0.0888 | -0.1887 | 0.4445 | 0.0227 | 0.0115 | -0.5321 | -0.4809 | -0.0005 | 0.346 | 0.0613 | 0.0172 | 0.3824 | 0.0252 | 0.3418 | 7.9401 | 18.6012 | 197.5694 | 2 | 1.5921 | -0.6312 | -0.1765 | 1.8292 | -0.2771 | 0.1172 | -0.1005 | -1.376 | 0.1558 | 0.4705 | 0.7298 | -0.317 | 0.1607 | 0.2577 | 0.1197 | 0.2515 | 0.0386 | -0.0647 | 0.6665 | -0.0534 | 0.3757 | 8.3266 | 19.0245 | 221.0466 | 3 | 0.6496 | -0.1574 | 0.3353 | 0.5457 | 0.6532 | 1.2208 | 0.9425 | -0.8862 | 0.0534 | -0.4039 | 0.1946 | -0.0507 | 1.5174 | 0.1015 | 0.105 | 0.4595 | 0.0553 | -0.2056 | 0.4216 | 0.1127 | 0.4084 | 4.8206 | 17.4954 | 216.7623 | 4 | -0.0022 | -0.0635 | 0.1271 | 0.345 | -0.4082 | 0.3479 | 0.4431 | 0.1606 | -0.3146 | -0.3035 | -0.0616 | 0.2154 | 0.8809 | 0.3303 | 0.0007 | 0.382 | 0.0911 | -0.02 | 0.3566 | 0.08 | 0.3793 | 8.8481 | 16.3737 | 193.834 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 9 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 10 through 17 )3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'B' and (resid 1 through 8 )4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'B' and (resid 9 through 17 ) | | | |
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