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- PDB-4kys: Clostridium botulinum thiaminase I in complex with thiamin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kys
タイトルClostridium botulinum thiaminase I in complex with thiamin
要素Thiamine pyridinylase I
キーワードTRANSFERASE / periplasmic binding protein type 2 fold / thiaminase I / thiamin degradation
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CITRIC ACID / Chem-VIB / :
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Sikowitz, M.D. / Shome, B. / Zhang, Y. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of a Clostridium botulinum C143S Thiaminase I/Thiamin Complex Reveals Active Site Architecture.
著者: Sikowitz, M.D. / Shome, B. / Zhang, Y. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine pyridinylase I
B: Thiamine pyridinylase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,03210
ポリマ－98,0202
非ポリマー1,0128
水7,746430
1
A: Thiamine pyridinylase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5165
ポリマ－49,0101
非ポリマー5064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiamine pyridinylase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5165
ポリマ－49,0101
非ポリマー5064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.504, 36.306, 156.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thiamine pyridinylase I / Cb-thiaminase I


分子量: 49009.789 Da / 分子数: 2 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: ATCC 19397 / Type A / 遺伝子: CLB_0812 / プラスミド: modified pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7FS27, thiamine pyridinylase
#2: 化合物 ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN / VITAMIN B1


分子量: 265.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N4OS / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 22% polyethylene glycol 10,000, 100 mM sodium citrate pH 4.4, 2% dioxane 10 mM thiamin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日
放射モノクロメーター: cryo-cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→49.95 Å / Num. all: 37678 / Num. obs: 37547 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.18-2.3192.4
2.3-2.44199.6
2.44-2.61199.6
2.61-2.82199.8
2.82-3.08199.8
3.08-3.45199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.18→49.95 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1877 5 %
Rwork0.1559 --
obs0.1587 37536 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→49.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5780 0 66 430 6276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0458176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7482198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047891
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.23980.25381270.18432346X-RAY DIFFRACTION85
2.2398-2.30570.20931370.16752741X-RAY DIFFRACTION99
2.3057-2.38010.24411270.16542757X-RAY DIFFRACTION99
2.3801-2.46520.22381460.16972749X-RAY DIFFRACTION100
2.4652-2.56390.26141480.1662722X-RAY DIFFRACTION100
2.5639-2.68050.27371230.17152780X-RAY DIFFRACTION100
2.6805-2.82180.24081570.17012758X-RAY DIFFRACTION100
2.8218-2.99860.221500.1762777X-RAY DIFFRACTION100
2.9986-3.23010.22911360.16692769X-RAY DIFFRACTION100
3.2301-3.55510.19071400.15272780X-RAY DIFFRACTION100
3.5551-4.06930.17191480.13162812X-RAY DIFFRACTION99
4.0693-5.12610.18361660.1232782X-RAY DIFFRACTION100
5.1261-49.96350.18951720.15952886X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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