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- PDB-4kyn: Crystal structure of odorant binding protein 48 from Anopheles ga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kyn
タイトルCrystal structure of odorant binding protein 48 from Anopheles gambiae at 3.3 Angstrom resolution
要素Odorant binding protein-8
キーワードTRANSPORT PROTEIN / insect odorant binding protein / OBP48 / olfaction / Anopheles gambiae
機能・相同性Recoverin; domain 1 - #270 / : / : / AgamOBP47-like / Recoverin; domain 1 / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Odorant binding protein-8
機能・相同性情報
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Tsitsanou, K.E. / Drakou, C.E. / Zographos, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal and Solution Studies of the "Plus-C" Odorant-binding Protein 48 from Anopheles gambiae: CONTROL OF BINDING SPECIFICITY THROUGH THREE-DIMENSIONAL DOMAIN SWAPPING.
著者: Tsitsanou, K.E. / Drakou, C.E. / Thireou, T. / Vitlin Gruber, A. / Kythreoti, G. / Azem, A. / Fessas, D. / Eliopoulos, E. / Iatrou, K. / Zographos, S.E.
履歴
登録2013年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant binding protein-8
B: Odorant binding protein-8
C: Odorant binding protein-8
D: Odorant binding protein-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1654
ポリマ－76,1654
非ポリマー00
水00
1
A: Odorant binding protein-8
C: Odorant binding protein-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0832
ポリマ－38,0832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
2
B: Odorant binding protein-8
D: Odorant binding protein-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0832
ポリマ－38,0832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.800, 52.800, 247.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Odorant binding protein-8


分子量: 19041.273 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 29-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: agamobp48, OBP-8 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q8MMI9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.0 M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
詳細: 1st mirror: Rh-coated Si mirror, bent for vertical collimation; 2nd mirror: Rh-coated toroidal Si mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111), first crystal indirectly water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.3→45.73 Å / Num. all: 11617 / Num. obs: 11606 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 52.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1661 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IJ7

4ij7


解像度: 3.3→44.967 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 554 4.79 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
all0.2104 11590 --
obs0.2092 11573 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.83 Å2 / Biso mean: 53.7713 Å2 / Biso min: 19.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.718 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5224 0 0 0 5224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4757140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7942088
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.63330.28951250.20582733285896
3.6333-4.15860.23481580.19282767292595
4.1586-5.23750.22471260.19322766289296
5.2375-40.01040.2311450.23722747289295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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