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- PDB-4ky4: Crystal structure of non-classical TS inhibitor 2 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ky4
タイトルCrystal structure of non-classical TS inhibitor 2 in complex with Toxoplasma gondii TS-DHFR
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / synthase / bifunctional
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / メチル化
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / ジヒドロ葉酸レダクターゼ / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopterin / Chem-1UE / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Sharma, H. / Anderson, K.S.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: Discovery of potent and selective inhibitors of Toxoplasma gondii thymidylate synthase for opportunistic infections.
著者: Zaware, N. / Sharma, H. / Yang, J. / Devambatla, R.K. / Queener, S.F. / Anderson, K.S. / Gangjee, A.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
F: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
G: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
H: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)565,16040
ポリマ－550,7418
非ポリマー14,41932
水0
1
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,29010
ポリマ－137,6852
非ポリマー3,6058
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area41090 Å2
手法PISA
2
C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,29010
ポリマ－137,6852
非ポリマー3,6058
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
3
E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
F: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,29010
ポリマ－137,6852
非ポリマー3,6058
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area41190 Å2
手法PISA
4
G: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
H: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,29010
ポリマ－137,6852
非ポリマー3,6058
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area41030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.539, 145.122, 176.159
Angle α, β, γ (deg.)89.970, 89.950, 89.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase / DHFR-TS / Dihydrofolate reductase / Thymidylate synthase


分子量: 68842.656 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q07422, ジヒドロ葉酸レダクターゼ, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸


分子量: 308.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-04J / Aminopterin / N-(4-{[(2,4-diaminopteridin-6-yl)methyl]amino}benzoyl)-L-glutamic acid / アミノプテリン / Aminopterin


分子量: 440.413 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N8O5 / コメント: 化学療法薬, 抗腫瘍剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-1UE / 2-amino-5-(phenylsulfanyl)-3,9-dihydro-4H-pyrimido[4,5-b]indol-4-one


分子量: 308.358 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N4OS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M Potassium Formate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.28 Å / Num. all: 128608 / Num. obs: 121332 / % possible obs: 94.34 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EIL

4eil


解像度: 2.79→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU B: 16.948 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.395
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2676 6475 5 %RANDOM
Rwork0.2198 ---
all0.2222 128608 --
obs0.2222 121332 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.23 Å2 / Biso mean: 79.025 Å2 / Biso min: 42.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20.25 Å2-0 Å2
2---3.58 Å2-0.25 Å2
3---4.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31444 0 976 0 32420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01933340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0231368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.98845284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9613.00871988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0653880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73723.3161520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.366155484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.30115240
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.24936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02136864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1647.41215688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1647.41115687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.64111.09519512
LS精密化 シェル解像度: 2.793→2.866 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 437 -
Rwork0.342 7876 -
all-8313 -
obs--85.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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