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- PDB-4ky0: Crystal structure of a substrate-free glutamate transporter homol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ky0
タイトルCrystal structure of a substrate-free glutamate transporter homologue from Thermococcus kodakarensis
要素Proton/glutamate symporter, SDF family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / AMINO ACID TRANSPORTER / Aspartate transport / Glutamate transport homologue
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid transport / symporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton/glutamate symporter, SDF family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guskov, A. / Jensen, S. / Rempel, S. / Hanelt, I. / Slotboom, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a substrate-free aspartate transporter.
著者: Jensen, S. / Guskov, A. / Rempel, S. / Hanelt, I. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton/glutamate symporter, SDF family
B: Proton/glutamate symporter, SDF family
C: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9327
ポリマ－137,1553
非ポリマー7774
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area51920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.570, 117.570, 309.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain C) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'C')

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要素

#1: タンパク質 Proton/glutamate symporter, SDF family


分子量: 45718.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JID0
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG4000, 100 mM Tris/Bicine, 60 mM CaCl2/MgCl2, 5% OG, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48 Å / Num. obs: 50511 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Biso Wilson estimate: 99.35 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NWX

2nwx


解像度: 3→48 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 2526 5 %
Rwork0.2123 --
obs0.215 50511 99.81 %
all-29087 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9308 0 52 0 9360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5112948
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7233377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.05780.38021370.35162599X-RAY DIFFRACTION100
3.0578-3.12020.41531380.35432640X-RAY DIFFRACTION100
3.1202-3.1880.40561390.35632646X-RAY DIFFRACTION100
3.188-3.26210.38261390.34592630X-RAY DIFFRACTION100
3.2621-3.34370.36981390.31682651X-RAY DIFFRACTION100
3.3437-3.43410.41071380.30212605X-RAY DIFFRACTION100
3.4341-3.53510.34891380.2942625X-RAY DIFFRACTION99
3.5351-3.64920.33291390.2552640X-RAY DIFFRACTION100
3.6492-3.77960.30211400.21312658X-RAY DIFFRACTION100
3.7796-3.93080.22581390.20442654X-RAY DIFFRACTION100
3.9308-4.10960.24881390.19032623X-RAY DIFFRACTION100
4.1096-4.32620.23541410.17482677X-RAY DIFFRACTION100
4.3262-4.5970.20541390.14582645X-RAY DIFFRACTION99
4.597-4.95160.19891420.14212691X-RAY DIFFRACTION100
4.9516-5.44930.22971410.15832687X-RAY DIFFRACTION100
5.4493-6.23640.26151420.19562715X-RAY DIFFRACTION100
6.2364-7.85180.23181450.22062748X-RAY DIFFRACTION100
7.8518-48.3660.28241510.23172851X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5942-0.2579-1.22251.6193-0.5052.55230.0093-0.07920.13020.21760.18920.2712-0.5206-0.8078-0.21930.65270.2874-0.05540.7786-0.00650.50766.077748.1853-32.1031
21.97330.00510.81112.27721.16423.1407-0.1016-0.00830.3728-0.49080.0965-0.1216-0.4380.5122-0.00460.70750.03460.16110.56580.14650.694247.87262.8492-26.9447
32.58250.3240.62381.991-0.05082.8725-0.01080.0195-0.03640.0335-0.1454-0.01710.6162-0.06480.13910.74250.160.11290.4361-0.02980.605938.703419.2234-24.275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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