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- PDB-4kxy: Human transketolase in complex with ThDP analogue (R)-2-(1,2-dihy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kxy
タイトルHuman transketolase in complex with ThDP analogue (R)-2-(1,2-dihydroxyethyl)-3-deaza-ThDP
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / thiamin diphosphate / enzyme catalysis / pentose phosphate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


xylulose 5-phosphate biosynthetic process / Insulin effects increased synthesis of Xylulose-5-Phosphate / Pentose phosphate pathway / transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of growth ...xylulose 5-phosphate biosynthetic process / Insulin effects increased synthesis of Xylulose-5-Phosphate / Pentose phosphate pathway / transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of growth / thiamine pyrophosphate binding / peroxisome / vesicle / nuclear body / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transketolase, C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 ...: / Transketolase, C-terminal domain / : / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1U0 / Transketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Neumann, P. / Luedtke, S. / Erixon, K.M. / Leeper, F. / Kluger, R. / Ficner, R. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2013
タイトル: Sub-angstrom-resolution crystallography reveals physical distortions that enhance reactivity of a covalent enzymatic intermediate.
著者: Ludtke, S. / Neumann, P. / Erixon, K.M. / Leeper, F. / Kluger, R. / Ficner, R. / Tittmann, K.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
B: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,25637
ポリマ－139,2952
非ポリマー2,96135
水26,3381462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area39650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.150, 86.050, 92.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transketolase / TK


分子量: 69647.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TKT / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29401, transketolase

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非ポリマー , 6種, 1497分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-1U0 / 2-{4-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-[(1R)-1,2-dihydroxyethyl]-3-methylthiophen-2-yl}ethyl trihydrogen diphosphate


分子量: 483.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N3O9P2S
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: Reservoir mixture of 13.5-15 % PEG 6000 (W/V), 4% PEG 400 (v/v), 2 % glycerol (v/v), pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→30 Å / Num. all: 307778 / Num. obs: 307778 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 14.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.26-1.360.5992.2519397462957199.7
1.36-1.460.4063.314589946866199.8
1.46-1.660.2096.2619868863194199.8
1.66-2.760.05319.03334550105309199.6
2.76-3.310.02138.933963412390199.5
3.31-3.860.01748.84200656292199.2
3.86-4.410.01551.7112813530198.9
4.41-140.01449.51223267026198.3
14-170.01438.86300104195.4
17-500.01534.14277110180.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3MOS

3mos


解像度: 1.26→30 Å / Num. parameters: 105540 / Num. restraintsaints: 114390 / Occupancy max: 1.64 / Occupancy min: 0.03 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 17424 5 %RANDOM
Rwork0.1538 ---
all0.1651 307778 --
obs0.1538 307778 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso max: 159.88 Å2 / Biso mean: 16.4439 Å2 / Biso min: -0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9494 0 182 1462 11138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d318
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist67
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol51
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol4
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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