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- PDB-4kwp: Crystal Structure of Human CK2-alpha in complex with a benzimidaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kwp
タイトルCrystal Structure of Human CK2-alpha in complex with a benzimidazole inhibitor (K164) at 1.25 A resolution
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / phosphorylation / small molecule inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / : / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / rhythmic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EXX / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Ranchio, A. / Lolli, G. / Battistutta, R.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2014
タイトル: Cell-permeable dual inhibitors of protein kinases CK2 and PIM-1: structural features and pharmacological potential.
著者: Cozza, G. / Girardi, C. / Ranchio, A. / Lolli, G. / Sarno, S. / Orzeszko, A. / Kazimierczuk, Z. / Battistutta, R. / Ruzzene, M. / Pinna, L.A.
履歴
登録2013年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,60912
ポリマ－40,1541
非ポリマー1,45511
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.448, 45.821, 63.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 40153.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 7種, 475分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EXX / 4,5,6,7-tetrabromo-1-(2-deoxy-beta-D-erythro-pentofuranosyl)-1H-benzimidazole / Tetrabromo-Deoxyribofuranosyl-Benzimidazole


分子量: 549.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10Br4N2O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulphate, 32% w/v PEG 4000, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→59.211 Å / Num. obs: 86589 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→36.238 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8881 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1696 4336 5.02 %RANDOM
Rwork0.1361 ---
obs0.1378 86380 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.58 Å2 / Biso mean: 19.9157 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→36.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2776 0 74 464 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1544034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0971136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.25-1.26420.2751480.217627042852100
1.2642-1.27910.24491510.214127362887100
1.2791-1.29470.28381430.202727132856100
1.2947-1.31110.23211550.207626922847100
1.3111-1.32830.25111470.190927292876100
1.3283-1.34650.24491230.1852732285599
1.3465-1.36580.24961400.178827022842100
1.3658-1.38620.23011450.169227372882100
1.3862-1.40780.24331210.166227302851100
1.4078-1.43090.20451270.164927612888100
1.4309-1.45560.19351460.151327072853100
1.4556-1.4820.17071510.145327322883100
1.482-1.51050.1941510.139627192870100
1.5105-1.54140.16721570.127627032860100
1.5414-1.57490.17921440.123827512895100
1.5749-1.61150.16341330.126727312864100
1.6115-1.65180.21641420.126927522894100
1.6518-1.69650.18341250.122327572882100
1.6965-1.74640.1631300.12082705283599
1.7464-1.80280.18351480.12022746289499
1.8028-1.86720.16071310.121227622893100
1.8672-1.9420.17391650.121927002865100
1.942-2.03030.14431510.116727232874100
2.0303-2.13740.12481590.112327432902100
2.1374-2.27130.15531510.11572681283298
2.2713-2.44660.15141450.12242739288499
2.4466-2.69270.17561390.137227662905100
2.6927-3.08220.16851510.13827782929100
3.0822-3.88260.14631720.127327612933100
3.8826-36.25280.15181450.144828522997100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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