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- PDB-4kw3: Crystal structure of the non-structural protein 1 N-terminal orig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kw3
タイトルCrystal structure of the non-structural protein 1 N-terminal origin-recognition/nickase domain from the emerging human bocavirus
要素NS1
キーワードVIRAL PROTEIN / Nuclease domain / Human bocavirus 1 NS1 N-terminal domain origin of replication binding protein with endonuclease activity / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / viral DNA genome replication / DNA helicase activity / DNA helicase / endonuclease activity / DNA replication / host cell nucleus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Initiator protein NS1 / Initiator protein NS1
類似検索 - 構成要素
生物種Human bocavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / Single isomorphous replacement (SIR) / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tewary, S.K. / Zhao, H. / Tang, L.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of the NS1 Protein N-Terminal Origin Recognition/Nickase Domain from the Emerging Human Bocavirus.
著者: Tewary, S.K. / Zhao, H. / Shen, W. / Qiu, J. / Tang, L.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS1
B: NS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3202
ポリマ－62,3202
非ポリマー00
水45025
1
A: NS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1601
ポリマ－31,1601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1601
ポリマ－31,1601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.804, 199.804, 56.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NS1 / NS1 protein / NS1-70 / NS1-70K / NS2


分子量: 31159.818 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Domain, UNP residues 1-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human bocavirus (ウイルス) / 遺伝子: NS1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q3YPH6, UniProt: D0EZM8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% MPD [(+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol], pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.97945
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.99712
検出器
タイプID検出器日付詳細
PSI PILATUS 6M1PIXEL2012年3月30日mirrors
MAR scanner 300 mm plate2IMAGE PLATE2012年7月19日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal cryo-cooled Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.997121
反射解像度: 2.7→37.41 Å / Num. all: 32126 / Num. obs: 32126 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 27.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceiceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Single isomorphous replacement (SIR) / 解像度: 2.7→37.41 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2067 1600 5 %
Rwork0.1714 --
obs0.1732 32001 99.83 %
all-32001 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4302 0 0 25 4327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1715980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8951654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.78640.26811410.20832669X-RAY DIFFRACTION100
2.7864-2.88590.28371430.20992722X-RAY DIFFRACTION100
2.8859-3.00140.23471440.19832731X-RAY DIFFRACTION100
3.0014-3.13790.1941430.18372741X-RAY DIFFRACTION100
3.1379-3.30330.25751430.19112720X-RAY DIFFRACTION100
3.3033-3.51010.22421450.18332751X-RAY DIFFRACTION100
3.5101-3.78090.19451440.16752748X-RAY DIFFRACTION100
3.7809-4.16090.18821450.15232758X-RAY DIFFRACTION100
4.1609-4.7620.16741470.14742793X-RAY DIFFRACTION100
4.762-5.99560.22191480.18082803X-RAY DIFFRACTION100
5.9956-37.41370.19461570.1652965X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 67.6809 Å / Origin y: 44.9855 Å / Origin z: 13.8958 Å
111213212223313233
T0.4482 Å20.0717 Å20.0235 Å2-0.3338 Å20.0143 Å2--0.3217 Å2
L1.5172 °21.0301 °2-0.3252 °2-2.1043 °2-0.1518 °2--0.7447 °2
S0.1015 Å °-0.0726 Å °-0.0312 Å °0.3653 Å °-0.0542 Å °0.0831 Å °0.2411 Å °0.1255 Å °-0.0469 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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