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- PDB-4kvw: Crystal structure of Aspergillus terreus aristolochene synthase c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kvw
タイトルCrystal structure of Aspergillus terreus aristolochene synthase complexed with (3R,6R,9aR)-6,9a-dimethyl-3-(prop-1-en-2-yl)decahydroquinolizin-5-ium
要素Aristolochene synthase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Class I terpenoid cyclase / alpha-helical fold / farnesyl diphosphate / magnesium / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aristolochene synthase / aristolochene synthase activity / small molecule metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JF4 / PYROPHOSPHATE 2- / Aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Chen, M. / Al-lami, N. / Janvier, M. / D'Antonio, E.L. / Faraldos, J.A. / Cane, D.E. / Allemann, R.K. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Mechanistic insights from the binding of substrate and carbocation intermediate analogues to aristolochene synthase.
著者: Chen, M. / Al-Lami, N. / Janvier, M. / D'Antonio, E.L. / Faraldos, J.A. / Cane, D.E. / Allemann, R.K. / Christianson, D.W.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aristolochene synthase
B: Aristolochene synthase
C: Aristolochene synthase
D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,89926
ポリマ－144,8864
非ポリマー2,01322
水17,655980
1
A: Aristolochene synthase
B: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,44913
ポリマ－72,4432
非ポリマー1,00711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
2
C: Aristolochene synthase
D: Aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,44913
ポリマ－72,4432
非ポリマー1,00711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.393, 124.393, 202.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Aristolochene synthase / AS / Sesquiterpene cyclase


分子量: 36221.395 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: Ari1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UR08, aristolochene synthase

-
非ポリマー , 5種, 1002分子

#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-JF4 / (3R,5S,6R,9aR)-6,9a-dimethyl-3-(prop-1-en-2-yl)octahydro-2H-quinolizinium


分子量: 208.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3 uL protein (10 mg/mL ATAS, 20 mM MES, pH 6.5, 1.9 mM magnesium chloride, 120 mM sodium chloride, 3 mM BME, 1.6 mM sodium pyrophosphate, 1.5 mM inhibitor) + 3 uL precipitant (100 mM ...詳細: 3 uL protein (10 mg/mL ATAS, 20 mM MES, pH 6.5, 1.9 mM magnesium chloride, 120 mM sodium chloride, 3 mM BME, 1.6 mM sodium pyrophosphate, 1.5 mM inhibitor) + 3 uL precipitant (100 mM magnesium formate, 12% PEG3350) against 500 uL precipitant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日
詳細: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontally focusing sagitally bent second crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 105819 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 19.292
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.702 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER(CCP4i)位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1370)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KVI

4kvi


解像度: 2.102→50 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 5287 5 %RANDOM
Rwork0.1944 ---
obs0.1944 105808 99.5 %-
all-106337 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9816 0 120 980 10916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68713783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2373851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.102-2.12560.31071570.24333089X-RAY DIFFRACTION93
2.1256-2.15060.32271740.23843323X-RAY DIFFRACTION100
2.1506-2.17680.28171750.23413360X-RAY DIFFRACTION100
2.1768-2.20430.28191710.24253275X-RAY DIFFRACTION100
2.2043-2.23340.30451610.22973341X-RAY DIFFRACTION100
2.2334-2.26390.2691860.22513335X-RAY DIFFRACTION100
2.2639-2.29630.27241780.21693313X-RAY DIFFRACTION100
2.2963-2.33060.23141760.21843318X-RAY DIFFRACTION100
2.3306-2.3670.26491710.21923332X-RAY DIFFRACTION100
2.367-2.40580.2841860.20943310X-RAY DIFFRACTION100
2.4058-2.44730.24981500.2143400X-RAY DIFFRACTION100
2.4473-2.49180.26321730.22143285X-RAY DIFFRACTION100
2.4918-2.53970.28771770.21623360X-RAY DIFFRACTION100
2.5397-2.59150.27371720.21143363X-RAY DIFFRACTION100
2.5915-2.64790.25591740.21693314X-RAY DIFFRACTION100
2.6479-2.70950.26761740.21533321X-RAY DIFFRACTION100
2.7095-2.77720.24461800.21333350X-RAY DIFFRACTION100
2.7772-2.85230.25361870.2083329X-RAY DIFFRACTION100
2.8523-2.93620.25341890.21083340X-RAY DIFFRACTION100
2.9362-3.0310.23061860.22583369X-RAY DIFFRACTION100
3.031-3.13930.25181740.21443330X-RAY DIFFRACTION100
3.1393-3.26490.24382030.21383357X-RAY DIFFRACTION100
3.2649-3.41350.21881720.20943339X-RAY DIFFRACTION100
3.4135-3.59340.26551610.20493408X-RAY DIFFRACTION100
3.5934-3.81840.21461760.18743381X-RAY DIFFRACTION100
3.8184-4.11310.19291910.16233400X-RAY DIFFRACTION100
4.1131-4.52680.16531740.1453374X-RAY DIFFRACTION100
4.5268-5.18110.19061890.15333444X-RAY DIFFRACTION100
5.1811-6.5250.17771770.17013458X-RAY DIFFRACTION100
6.525-47.5840.15131730.15093603X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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