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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kvh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ketosteroid isomerase fold protein Hmuk_0747 | ||||||
![]() | Ketosteroid isomerase fold protein Hmuk_0747 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Holowicki, J. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ketosteroid isomerase fold protein Hmuk_0747 著者: Chang, C. / Holowicki, J. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 12843.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 142分子 ![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CAC / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 化合物 | ChemComp-FMT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.67 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Sodium cacodylate, 50% PEG 200, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91951 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→50 Å / Num. all: 25742 / Num. obs: 25722 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 48.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 16.2 % / Num. unique all: 1254 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.94 Å2 / Biso mean: 19.5008 Å2 / Biso min: 6.45 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→28.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.609→1.65 Å / Total num. of bins used: 20
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