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万見
- PDB-4kuk: A superfast recovering full-length LOV protein from the marine ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kuk
タイトルA superfast recovering full-length LOV protein from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae (Dark state)
要素blue-light photoreceptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS domain / light-oxygen-voltage / LOV / FMN Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / RIBOFLAVIN / Putative blue-light photoreceptor
類似検索 - 構成要素
生物種Dinoroseobacter shibae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Circolone, F. / Granzin, J. / Stadler, A. / Krauss, U. / Drepper, T. / Endres, S. / Knieps-Gruenhagen, E. / Wirtz, A. / Willbold, D. / Batra-Safferling, R. / Jaeger, K.-E.
引用ジャーナル: BMC Microbiol / 年: 2015
タイトル: Structure and function of a short LOV protein from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae.
著者: Endres, S. / Granzin, J. / Circolone, F. / Stadler, A. / Krauss, U. / Drepper, T. / Svensson, V. / Knieps-Grunhagen, E. / Wirtz, A. / Cousin, A. / Tielen, P. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3103
ポリマ－16,8741
非ポリマー4362
水2,018112
1
A: blue-light photoreceptor
ヘテロ分子

A: blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6216
ポリマ－33,7482
非ポリマー8734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3430 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.978, 30.595, 49.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-396-

HOH

21A-397-

HOH

31A-402-

HOH

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要素

#1: タンパク質 blue-light photoreceptor / light-oxygen-voltage (LOV) photoreceptor


分子量: 16873.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dinoroseobacter shibae (バクテリア)
株: DFL 12 / 遺伝子: Dshi_2006 / プラスミド: pBluescript-DsLOV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8LP63
#2: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONFORMATION A OF RESIDUE A ARG 97 IS METHYLATED (NMM) AND CONFORMATION B IS NOT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.57 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.3 M magnesium chloride, 8% PGA-LM, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月26日
放射モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45.4 Å / Num. obs: 19912 / % possible obs: 98.98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.08 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 884 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V0U

2v0u


解像度: 1.5→45.399 Å / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC/ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1789 1016 5.1 %RANDOM
Rwork0.1298 ---
all0.1323 19910 --
obs0.1323 19910 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 0 31 112 1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.331426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.387393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5-1.57920.20751330.10952544254494
1.5792-1.67810.18521440.111226882688100
1.6781-1.80770.18141370.113227152715100
1.8077-1.98960.14851500.108726962696100
1.9896-2.27750.1771430.116627222722100
2.2775-2.86930.20251370.139927482748100
2.8693-45.41970.1731720.14512781278199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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