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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ktz | ||||||
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タイトル | Lactococcus phage 67 RuvC | ||||||
要素 | RuvC endonuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE / endonuclease / DNA junctions / replication / recombination / phage packaging / Holliday junction / RNase-H fold / DNA junction endonuclease / Holliday junctions and other 2- & 3-way DNA junctions | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactococcus phage bIL67 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Rafferty, J.B. / Green, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013 タイトル: Mutants of phage bIL67 RuvC with enhanced Holliday junction binding selectivity and resolution symmetry. 著者: Green, V. / Curtis, F.A. / Sedelnikova, S. / Rafferty, J.B. / Sharples, G.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ktz.cif.gz | 139.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ktz.ent.gz | 109.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ktz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ktz_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ktz_full_validation.pdf.gz | 446.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ktz_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ktz_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4ktz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18122.617 Da / 分子数: 2 / 変異: D8N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus phage bIL67 (ファージ) 遺伝子: orf23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q38242 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.4 M MgCl2, 25% w/v PEG2000, 0.1M HEPES pH7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.8 Å / Num. all: 29210 / Num. obs: 29210 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3894 / % possible all: 88.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4KTW 解像度: 1.9→21.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 7.786 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.006 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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