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万見
- PDB-4kt5: Structure of GrlR-GrlA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kt5
タイトルStructure of GrlR-GrlA complex
要素
  • GrlA
  • GrlR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Beta Barrel / HTH motif / Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator CaiF/GrlA / CaiF/GrlA transcriptional regulator / T3SS negative regulator GrlR / T3SS negative regulator GrlR domain superfamily / Lipocalin / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle ...Transcription regulator CaiF/GrlA / CaiF/GrlA transcriptional regulator / T3SS negative regulator GrlR / T3SS negative regulator GrlR domain superfamily / Lipocalin / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Padavannil, A. / Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structure of GrlR-GrlA complex that prevents GrlA activation of virulence genes
著者: Padavannil, A. / Jobichen, C. / Mills, E. / Velazquez-Campoy, A. / Li, M. / Leung, K.Y. / Mok, Y.K. / Rosenshine, I. / Sivaraman, J.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22018年2月21日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GrlR
B: GrlR
C: GrlA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5015
ポリマ－45,1123
非ポリマー3882
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.188, 121.212, 84.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GrlR


分子量: 14430.923 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: grlR / プラスミド: pET-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7DB61
#2: タンパク質 GrlA


分子量: 16250.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: grlA / プラスミド: pET-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7DB62
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 3350, 0.1M Sodium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 22108 / Num. obs: 22108 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 49.55 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXAutoSolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→14.915 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS IN THE STRUCTURE FACTOR DATA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 2210 10 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
obs0.1847 22108 97.67 %-
all-22108 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.32 Å2 / Biso mean: 57.3101 Å2 / Biso min: 23.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2561 0 26 12 2599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3893552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.116988
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.75840.33951170.26791071118884
2.7584-2.82220.31981330.25751189132292
2.8222-2.89230.34941350.25351195133096
2.8923-2.96990.38121420.23741280142299
2.9699-3.05650.30531360.21741262139899
3.0565-3.15430.29641330.20061260139399
3.1543-3.26590.261430.208912751418100
3.2659-3.39520.23711390.191812781417100
3.3952-3.54770.28151390.191612511390100
3.5477-3.7320.26571420.185612811423100
3.732-3.96170.23261420.177812771419100
3.9617-4.2610.20891440.159912561400100
4.261-4.67770.24631390.15991279141899
4.6777-5.32740.17621430.14111256139999
5.3274-6.61320.21151450.17161251139698
6.6132-14.91570.1531380.13611237137598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.4218 Å / Origin y: 27.1768 Å / Origin z: -17.4445 Å
111213212223313233
T0.2353 Å2-0.0129 Å2-0.0328 Å2-0.4497 Å20.0405 Å2--0.2584 Å2
L2.2811 °2-0.3345 °2-0.4827 °2-2.1081 °20.4237 °2--2.6454 °2
S0.0766 Å °0.1769 Å °-0.007 Å °-0.0565 Å °-0.0831 Å °0.1149 Å °0.0222 Å °-0.4006 Å °-0.0094 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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