PDB-4kt2: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kt2

タイトル

Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with mg and glycerol

要素

D-mannonate dehydratase

キーワード

HYDROLASE / Enolase fold / D-MANNONATE DEHYDRATASE

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of d-mannonate dehydratase from chromohalobacter salexigens complexed with mg and glycerol
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kt2.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kt2.ent.gz	1017.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kt2_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kt2_full_validation.pdf.gz	532.8 KB	表示
XML形式データ	4kt2_validation.xml.gz	125.1 KB	表示
CIF形式データ	4kt2_validation.cif.gz	180.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ow1S 4kpl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p93-4 3rgt-2 4kpl-3 4kws-1 4k2s-3 3ow1-1 3p93-3 4kws-3 4kpl-1 4kpl-4 3ow1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: D-mannonate dehydratase

B: D-mannonate dehydratase

C: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

F: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

366 kDa, 8 ポリマー
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1

A: D-mannonate dehydratase

E: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: D-mannonate dehydratase

D: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: D-mannonate dehydratase

G: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.6 kDa, 2 ポリマー
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4

F: D-mannonate dehydratase

H: D-mannonate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.585, 177.787, 109.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	D-mannonate dehydratase 分子量: 45468.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89, mannonate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 2244分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris, 0.1M sodium chloride , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月9日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.798→35.172 Å / Num. all: 295190 / Num. obs: 295190 / % possible obs: 98.48 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OW1

3ow1

解像度: 1.798→35.172 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	14932	5.06 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
all	0.1507	295190	-	-
obs	0.1507	295190	98.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.238 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.819 Å²	0 Å²	2.7657 Å²
2-	-	-1.2552 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.5638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→35.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24554	0	136	2209	26899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	25439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	34665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.724	9118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	3728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7982-1.8186	0.3143	353	0.2594	7204	X-RAY DIFFRACTION	76
1.8186-1.84	0.2752	497	0.2388	8510	X-RAY DIFFRACTION	90
1.84-1.8625	0.2607	475	0.2299	9115	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8625-1.886	0.2385	522	0.2029	9456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.886-1.9109	0.2461	499	0.1982	9403	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9109-1.937	0.2438	507	0.188	9478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-1.9647	0.2198	527	0.1751	9426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9647-1.994	0.2361	501	0.1741	9418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.994-2.0252	0.2061	527	0.1639	9437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0252-2.0584	0.1941	545	0.1583	9428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0584-2.0939	0.1977	539	0.1521	9393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0939-2.1319	0.2118	492	0.1537	9447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1319-2.1729	0.1831	504	0.1488	9473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1729-2.2173	0.1882	461	0.1445	9505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2173-2.2655	0.1785	508	0.1421	9415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2655-2.3182	0.1863	497	0.1446	9449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3182-2.3761	0.1893	525	0.1456	9454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3761-2.4404	0.1849	492	0.1446	9503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4404-2.5122	0.1889	516	0.1394	9426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5122-2.5932	0.1882	470	0.1436	9476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5932-2.6859	0.202	470	0.146	9494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6859-2.7934	0.1795	513	0.1485	9439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7934-2.9204	0.1878	512	0.1503	9451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9204-3.0743	0.1789	497	0.1471	9485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0743-3.2668	0.1758	488	0.1437	9462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2668-3.5188	0.1577	497	0.1341	9483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5188-3.8726	0.1511	475	0.1251	9532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8726-4.432	0.1373	474	0.1188	9499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.432-5.5802	0.1559	543	0.1337	9435	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5802-35.1786	0.1647	506	0.1693	9562	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2472	-0.0521	-0.0298	0.3813	-0.0176	0.2911	0.0115	-0.0038	0.0584	-0.0168	0.0268	-0.1348	-0.0513	0.0827	-0.0306	0.0666	-0.0198	0.0034	0.1125	-0.0135	0.1347	30.221	9.184	25.8408
2	0.2176	-0.066	-0.0056	0.6134	0.0097	0.5063	-0.0285	-0.0385	-0.03	0.1506	-0.0022	0.1078	0.1129	-0.0824	0.0204	0.1544	-0.0213	0.0404	0.11	-0.0055	0.1193	-10.8075	-35.6595	51.0702
3	0.4012	-0.0119	-0.228	0.4096	0.1325	0.4953	-0.016	-0.1034	-0.0037	0.1615	0.0215	-0.0697	0.0639	0.1163	-0.0013	0.1672	0.0165	-0.0401	0.1368	-0.0093	0.0997	18.3542	-12.2559	63.0824
4	0.3936	0.0886	-0.0419	0.5522	0.0979	0.3819	-0.0166	-0.0337	-0.0835	0.1583	0.0199	-0.081	0.145	0.078	-0.0021	0.1787	0.0411	-0.0167	0.1111	0.0113	0.1238	17.2071	-50.9783	40.5923
5	0.3237	0.0404	-0.168	0.5795	0.0276	0.4307	0.022	0.086	0.0362	-0.1302	-0.0193	0.0414	-0.0725	-0.0674	-0.0047	0.1319	0.0185	-0.0179	0.1418	0.0096	0.1128	5.9697	2.3237	3.3371
6	0.3258	-0.1308	-0.0604	0.6575	0.1136	0.3807	-0.0125	0.0569	-0.0416	-0.0489	-0.0122	0.0671	0.0357	-0.0475	0.0239	0.0881	-0.0127	-0.0059	0.128	-0.0212	0.0999	-1.6676	-41.6137	7.7917
7	0.2507	0.1299	0.0549	0.6674	0.1806	0.4677	0.0032	-0.0147	0.0537	0.0635	-0.0167	0.0837	-0.0126	-0.0228	0.0149	0.0928	0.0048	0.01	0.1021	-0.0106	0.1191	-2.59	8.1083	46.6464
8	0.2311	0.003	0.0503	0.5468	0.0599	0.5503	-0.0083	0.0453	-0.0096	-0.09	0.0061	-0.1271	0.0188	0.0842	0.0054	0.0874	0.0057	0.0229	0.1347	-0.0158	0.1289	29.3058	-29.5241	3.3579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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