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- PDB-4ksy: Crystal structure of STING in complex with cGAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ksy
タイトルCrystal structure of STING in complex with cGAMP
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / : / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / cytoplasmic vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / activation of innate immune response / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peroxisome / positive regulation of protein binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cGAMP / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.881 Å
データ登録者Zhang, X. / Chen, Z.J. / Zhang, X.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Cyclic GMP-AMP Containing Mixed Phosphodiester Linkages Is An Endogenous High-Affinity Ligand for STING.
著者: Zhang, X. / Shi, H. / Wu, J. / Zhang, X. / Sun, L. / Chen, C. / Chen, Z.J.
履歴
登録2013年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32015年8月5日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8552
ポリマ－27,1811
非ポリマー6741
水1,29772
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7104
ポリマ－54,3612
非ポリマー1,3492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
Buried area3870 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.522, 77.927, 35.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 27180.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 138-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM173, ERIS, MITA, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-1SY / cGAMP / 2',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(2',5')pA(3',5')p] / 2′,3′-cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 27% PEG 3,350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.8, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 19800 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.881→29.461 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 1980 10 %
Rwork0.1607 --
obs0.1629 19800 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.881→29.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1465 0 45 72 1582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2132136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.316591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005276
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8813-1.92830.31651370.24191227X-RAY DIFFRACTION97
1.9283-1.98050.23631390.19431259X-RAY DIFFRACTION99
1.9805-2.03870.20531410.1771262X-RAY DIFFRACTION99
2.0387-2.10450.21411400.17281268X-RAY DIFFRACTION99
2.1045-2.17970.18351400.16411252X-RAY DIFFRACTION99
2.1797-2.26690.15921420.1591279X-RAY DIFFRACTION99
2.2669-2.37010.19621420.15441286X-RAY DIFFRACTION99
2.3701-2.4950.19041410.16471266X-RAY DIFFRACTION100
2.495-2.65120.2031390.16411257X-RAY DIFFRACTION100
2.6512-2.85570.17991430.16611287X-RAY DIFFRACTION100
2.8557-3.14280.18911440.16431286X-RAY DIFFRACTION100
3.1428-3.59690.15931430.16151293X-RAY DIFFRACTION100
3.5969-4.52910.15551430.14041288X-RAY DIFFRACTION100
4.5291-29.46450.1881460.16011310X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.5257 Å / Origin y: 5.8054 Å / Origin z: -18.3776 Å
111213212223313233
T0.1783 Å20.0185 Å2-0.0045 Å2-0.22 Å20.0088 Å2--0.2155 Å2
L1.612 °2-0.0312 °20.0162 °2-1.9156 °20.1445 °2--1.5863 °2
S-0.0428 Å °0.0107 Å °0.1516 Å °-0.0458 Å °0.0188 Å °0.2426 Å °0.0446 Å °-0.2678 Å °-0.002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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