PDB-4kss: Crystal Structure of Vibrio cholerae ATPase GspsE Hexamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kss

タイトル

Crystal Structure of Vibrio cholerae ATPase GspsE Hexamer

要素

Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / T2SS secretion ATPase / EpsE / Hexamer / Quasi C6 cyclic symmetry

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 7.58 Å

データ登録者

Hol, W.G. / Turley, S. / Lu, C.Y. / Park, Y.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Hexamers of the Type II Secretion ATPase GspE from Vibrio cholerae with Increased ATPase Activity.
著者: Lu, C. / Turley, S. / Marionni, S.T. / Park, Y.J. / Lee, K.K. / Patrick, M. / Shah, R. / Sandkvist, M. / Bush, M.F. / Hol, W.G.

履歴

登録	2013年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4ksrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7476 6kph-d 3o44-2 3j94-d 0752 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

B: Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

C: Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

D: Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

E: Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

F: Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein

384 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	205.064, 205.064, 234.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein / T2SS protein E / Cholera toxin secretion protein EpsE / General secretion pathway protein E / Type ...T2SS protein E / Cholera toxin secretion protein EpsE / General secretion pathway protein E / Type II traffic warden ATPase 分子量: 63927.793 Da / 分子数: 6 / 断片: T2SS EpsE, P37093 residues 100-503, Q02UZ4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric Protein 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961, UCBPP-PA14 / 遺伝子: epsE, VC_2732, PA14_01030 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37093, UniProt: Q02UZ4

#1: タンパク質

Type II secretion system protein E, hemolysin-coregulated protein / T2SS protein E / Cholera toxin secretion protein EpsE / General secretion pathway protein E / Type ...

分子量: 63927.793 Da / 分子数: 6 / 断片: T2SS EpsE, P37093 residues 100-503, Q02UZ4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric Protein
由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O1 (コレラ菌), (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961, UCBPP-PA14 / 遺伝子: epsE, VC_2732, PA14_01030 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37093, UniProt: Q02UZ4

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 7% PEG6000, 0.1M Bicine, 5mM ADP, 5mM MgCl2, 5 mM AMPPNP, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日

放射

モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.7 % / Av σ(I) over netI: 6.35 / 数: 56324 / R_merge(I) obs: 0.24 / Χ²: 1.18 / D res high: 7 Å / D res low: 90 Å / Num. obs: 8382 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
15.06	90	94.9	1	0.089	1.392	6.1
11.96	15.06	99.4	1	0.169	1.237	6.8
10.45	11.96	99.6	1	0.189	1.199	6.8
9.5	10.45	99.6	1	0.232	1.161	6.8
8.82	9.5	99.9	1	0.335	1.144	6.8
8.3	8.82	100	1	0.506	1.121	6.8
7.88	8.3	100	1	0.814	1.131	6.8
7.54	7.88	100	1		1.086	6.8
7.25	7.54	100	1		1.115	6.8
7	7.25	100	1		1.198	6.8

反射

解像度: 7→90 Å / Num. obs: 8382 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Χ²: 1.178 / Net I/σ(I): 3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
7-7.25	6.8	828	1.198	1	100
7.25-7.54	6.8	803	1.115	1	100
7.54-7.88	6.8	831	1.086	1	100
7.88-8.3	6.8	825	1.131	1	100	0.814
8.3-8.82	6.8	821	1.121	1	100	0.506
8.82-9.5	6.8	842	1.144	1	99.9	0.335
9.5-10.45	6.8	836	1.161	1	99.6	0.232
10.45-11.96	6.8	840	1.199	1	99.6	0.189
11.96-15.06	6.8	861	1.237	1	99.4	0.169
15.06-90	6.1	895	1.392	1	94.9	0.089

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 7.58→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.673 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.669 / SU ML: 3.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 5.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.35989	308	4.7 %	RANDOM
R_work	0.34875	-	-	-
obs	0.34924	6265	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 164.076 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.16 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 7.58→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24126	0	0	0	24126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.037	0.019	24462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	24270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	1.974	32982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.611	3.001	55800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.327	5	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.259	23.966	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.916	15	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.136	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	27252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 7.58→7.776 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	29	-
R_work	0.343	432	-
obs	-	-	98.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.6871	-12.3926	-6.7436	15.9976	0.293	7.6783	2.1359	1.5074	-1.6092	-0.8715	-2.5009	2.3704	-1.784	-0.122	0.365	1.7075	-0.0213	0.0294	2.1679	-0.3275	1.083	-73.1135	-96.3974	-8.3434
2	17.8669	2.8024	2.4792	7.4935	0.1128	2.3111	-0.4531	-0.7226	0.3053	-0.3089	-0.1471	1.2909	-0.1886	0.3926	0.6002	0.7499	-0.0079	0.139	0.8972	0.1648	0.4868	-95.8394	-57.3634	-21.392
3	16.8528	-2.2029	-0.2873	1.3781	4.8536	21.5284	-1.5198	-2.3622	1.444	0.0766	0.5465	-0.033	-0.0458	0.8774	0.9733	1.1313	0.0318	0.5927	0.6998	0.0324	1.1241	-73.335	-17.4773	-25.041
4	6.1813	1.6103	3.9192	7.3815	7.8069	9.543	1.2684	-0.0182	-0.4929	0.4678	-1.0792	0.5251	1.4944	-1.5276	-0.1892	2.1268	-0.3425	-0.0764	1.1569	0.0968	1.6283	-49.3336	-95.1462	-27.3859
5	7.2973	-0.7239	4.773	5.326	-2.5251	19.6565	0.0692	0.2942	-0.1699	-1.3989	-0.8053	0.1192	-0.3861	-1.7334	0.7361	1.0708	0.072	0.1522	0.5617	-0.2831	0.9663	-77.6	-76.156	-37.4191
6	8.813	2.4626	-6.5155	10.9257	-10.4744	13.1563	0.1575	1.0408	0.6276	-1.1213	-0.3355	0.0929	-0.6071	0.0665	0.178	2.3454	-0.3774	-0.6728	1.5744	-0.1029	0.5977	-73.7608	-41.0293	-43.8463
7	4.7069	-0.5999	0.419	6.1258	-0.9117	2.2235	0.3119	-0.626	0.2942	0.311	-0.048	0.5203	-0.3033	-0.181	-0.2639	1.1843	-0.2079	0.1824	1.1528	-0.2296	0.8002	-39.5695	-69.3017	-78.0015
8	8.1742	-0.8559	0.967	1.8534	0.2896	15.0244	-0.5645	-0.37	0.491	0.2011	0.2222	-0.3494	-0.1741	-0.2019	0.3423	0.8641	0.0694	0.0762	0.2484	-0.4105	0.7219	-27.6078	-15.0802	-15.9725
9	0.9055	3.2069	0.5545	14.9274	0.1562	7.3308	-0.1003	-0.0885	-0.1453	0.7601	-0.6054	-0.599	-0.4005	0.1369	0.7056	0.6357	0.0861	-0.2893	0.8146	-0.2397	0.461	-4.8833	-53.6165	-3.2378
10	14.2772	-11.7863	-11.952	18.0542	1.0635	19.4555	-0.7699	2.0579	0.6086	1.2067	-1.0884	-2.6711	-0.4414	-2.1649	1.8583	1.5107	0.0106	-0.5489	1.9727	0.4377	0.9258	-27.4879	-93.7664	0.8356
11	13.3224	2.5023	-9.0912	4.618	-4.1035	9.3368	0.8655	-1.6888	0.5186	-0.86	-0.5671	-0.8758	-0.9822	2.6517	-0.2984	1.5729	-0.3238	0.5172	1.5798	-0.4006	1.482	-42.1377	-25.7269	-40.6238
12	15.0425	-5.4726	-7.9933	7.2791	7.0372	7.5044	-1.6689	-1.0174	-1.0925	1.0119	1.9226	-0.5399	1.2642	1.9967	-0.2537	1.2368	0.4421	-0.2428	1.6872	-0.1655	1.2848	-14.0563	-44.7025	-30.7904
13	3.4956	0.3703	-1.1408	13.8702	8.9486	9.0515	-1.417	-0.0139	-0.8939	0.9497	1.1066	-0.4737	2.2638	0.6507	0.3104	1.3508	0.4367	0.0583	1.0759	-0.1952	1.139	-17.7303	-79.5632	-24.1745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	121 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	121 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	121 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	235 - 500
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	235 - 500
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	235 - 500
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	511 - 671
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	511 - 671
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	511 - 671
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	511 - 671
11	X-RAY DIFFRACTION	7	E	511 - 671
12	X-RAY DIFFRACTION	7	F	511 - 671
13	X-RAY DIFFRACTION	8	D	121 - 229
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	121 - 229
15	X-RAY DIFFRACTION	10	F	121 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	11	D	235 - 500
17	X-RAY DIFFRACTION	12	E	235 - 500
18	X-RAY DIFFRACTION	13	F	235 - 500

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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