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- PDB-4kqv: Topoisomerase iv atp binding domain of francisella tularensis in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kqv
タイトルTopoisomerase iv atp binding domain of francisella tularensis in complex with a small molecule inhibitor
要素Topoisomerase IV, subunit B
キーワードISOMERASE / ATP-binding / Nucleotide-binding / Topoisomerase / ATP-binding domain / DNA gyrase negatively supercoils closed circular double-stranded DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal ...DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DOO / IODIDE ION / DNA topoisomerase 4 subunit B / :
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. holarctica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Bensen, D.C. / Akers-Rodriguez, S. / Lam, T. / Tari, L.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A new class of type iia topoisomerase inhibitors with broad-spectrum antibacterial activity
著者: Tari, L.W. / Bensen, D.C. / Finn, J.
履歴
登録2013年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase IV, subunit B
B: Topoisomerase IV, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,78612
ポリマ－87,9022
非ポリマー1,88410
水2,324129
1
A: Topoisomerase IV, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1478
ポリマ－43,9511
非ポリマー1,1967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Topoisomerase IV, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6394
ポリマ－43,9511
非ポリマー6883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.200, 163.160, 72.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase IV, subunit B


分子量: 43950.766 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 18-224 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. holarctica (バクテリア)
株: LVS
遺伝子: DNA TOPOISOMERASE IV SUBUNIT B PARE, FTL_1726, FTL_1726;
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2A1P5, UniProt: A0A0J9WZF0*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-DOO / 6-fluoro-4-[(3aR,6aR)-hexahydropyrrolo[3,4-b]pyrrol-5(1H)-yl]-N-methyl-2-[(2-methylpyrimidin-5-yl)oxy]-9H-pyrimido[4,5-b]indol-8-amine


分子量: 434.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23FN8O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 10% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM CITRATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→66.06 Å / Num. all: 142179 / Num. obs: 40074 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HY1

4hy1


解像度: 2.38→66.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 7.204 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29851 2007 5 %RANDOM
Rwork0.2551 ---
all0.259 ---
obs0.25727 37983 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å20 Å2-0.21 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---3.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→66.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4363 0 72 129 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.9786138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5795553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52425.879199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86215849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9921512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213327
LS精密化 シェル解像度: 2.383→2.445 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 130 -
Rwork0.259 2472 -
obs--86.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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