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- PDB-4kqj: Crystal structure of CobT S80Y/Q88M/L175M complexed with p-cresol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kqj
タイトルCrystal structure of CobT S80Y/Q88M/L175M complexed with p-cresol and NaMN
要素Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase; Chain: A; domain 1 / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), small domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, bacterial type / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, N-terminal / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), large domain / Phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...5,6-Dimethylbenzimidazole Phosphoribosyltransferase; Chain: A; domain 1 / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), small domain / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, bacterial type / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, N-terminal / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT), large domain / Phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / P-CRESOL / Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chan, C.H. / Newmister, S.A. / Taylor, K.C. / Claas, K.R. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Dissecting cobamide diversity through structural and functional analyses of the base-activating CobT enzyme of Salmonella enterica.
著者: Chan, C.H. / Newmister, S.A. / Talyor, K. / Claas, K.R. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2013年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2824
ポリマ－36,7431
非ポリマー5393
水3,135174
1
A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5648
ポリマ－73,4862
非ポリマー1,0796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.807, 89.154, 46.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細the biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / NN:DBI PRT / N(1)-alpha-phosphoribosyltransferase


分子量: 36742.766 Da / 分子数: 1 / 変異: S80Y, Q88M, L175M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: cobT, STM2016 / プラスミド: pCOBT184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE13607
参照: UniProt: Q05603, nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NCN / NICOTINATE MONONUCLEOTIDE / NAMN


分子量: 335.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14NO9P
#3: 化合物 ChemComp-PCR / P-CRESOL / p-クレゾ-ル


分子量: 108.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 24% MEPEG 5000, 0.1 M CHES, 0.05 M magnesium sulfate, 5 mM p-cresol, 1% DMSO, 5% ethylene glycol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 22398 / Num. obs: 22398 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 93.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 3.477 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 1125 5.1 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
all0.1836 22112 --
obs0.1836 22112 97.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.2 Å2 / Biso mean: 9.187 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2453 0 35 174 2662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1091.9953492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0383.0015717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22524.45883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23715383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9231513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3310.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212937
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02516
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 78 -
Rwork0.204 1252 -
all-1330 -
obs--81.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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