ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | REFMAC | 5.7.0029精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | SBC-Collect | | データ収集 | | HKL-3000 | | データ削減 | | HKL-3000 | | データスケーリング | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.62→31.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.193 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1883 | 1783 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1511 | - | - | - |
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all | 0.1529 | 35453 | - | - |
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obs | 0.1529 | 35453 | 96.92 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 52.33 Å2 / Biso mean: 17.2356 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.41 Å2 | 0 Å2 | 0.27 Å2 |
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2- | - | -0.87 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 1.1 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→31.9 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2385 | 0 | 20 | 379 | 2784 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.016 | 0.02 | 2587 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 2493 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.694 | 1.968 | 3535 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.855 | 3 | 5781 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.691 | 5 | 365 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg32.887 | 26.271 | 118 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.095 | 15 | 447 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg14.962 | 15 | 10 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.109 | 0.2 | 406 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.009 | 0.02 | 3069 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 555 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.618→1.66 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.321 | 113 | - |
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Rwork | 0.249 | 2074 | - |
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all | - | 2187 | - |
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obs | - | 2187 | 80.67 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 6.6995 Å / Origin y: -19.7692 Å / Origin z: 14.7903 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0188 Å2 | -0.0014 Å2 | 0.0009 Å2 | - | 0.0281 Å2 | -0.001 Å2 | - | - | 0.0014 Å2 |
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L | 0.085 °2 | 0.0961 °2 | -0.0872 °2 | - | 0.3238 °2 | -0.1618 °2 | - | - | 0.1599 °2 |
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S | 0.0045 Å ° | -0.0046 Å ° | 0.0076 Å ° | -0.0019 Å ° | -0.0027 Å ° | 0.0091 Å ° | 0.0015 Å ° | 0.0022 Å ° | -0.0019 Å ° |
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