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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kqb | |||||||||
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タイトル | crystal structure of the Golgi casein kinase with Mn/ADP bound | |||||||||
![]() | Protein H03A11.1 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / secreted kinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / Golgi membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xiao, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Golgi casein kinase. 著者: Xiao, J. / Tagliabracci, V.S. / Wen, J. / Kim, S.A. / Dixon, J.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 358.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 297.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53065.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CELE_H03A11.1, H03A11.1 / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 7分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NI / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12% PEG4000, 200 mM imidazole-malate (4:1), 3 mM NiCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.045→48.428 Å / Num. obs: 18134 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.045→48.428 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 58.7313 Å / Origin y: 20.9562 Å / Origin z: 199.9055 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |