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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kq9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of periplasmic ribose ABC transporter from Conexibacter woesei DSM 14684 | ||||||
![]() | Ribose ABC transporter, substrate binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / ribose binding / PSI-Biology / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / ribose transporter | ||||||
機能・相同性 | Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ribose ABC transporter, substrate binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of periplasmic ribose ABC transporter from Conexibacter woesei DSM 14684 著者: Nocek, B. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31667.428 Da / 分子数: 1 / 変異: V262M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 14684 / 遺伝子: Cwoe_4347 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.1 M DL-Malic Acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 27010 / Num. obs: 26570 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.047 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.906→1.955 Å / Total num. of bins used: 20
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