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万見
- PDB-4ko2: Low X-ray dose structure of H2-activated anaerobically purified D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ko2
タイトルLow X-ray dose structure of H2-activated anaerobically purified Dm. baculatum [NiFeSe]-hydrogenase after crystallization under air
要素
  • Nickel-dependent hydrogenase large subunit
  • Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / NiFeSe-site / H2 cleavage/production / seleninate
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B ...: / Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / HYDROSULFURIC ACID / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Nickel-dependent hydrogenase large subunit / Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfomicrobium baculatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Volbeda, A. / Cavazza, C. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2013
タイトル: Structural foundations for the O2 resistance of Desulfomicrobium baculatum [NiFeSe]-hydrogenase.
著者: Volbeda, A. / Amara, P. / Iannello, M. / De Lacey, A.L. / Cavazza, C. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a reduced [NiFeSe] hydrogenase provides an image of the activated catalytic center.
著者: Garcin, E. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Volbeda, A. / Frey, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2013年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32013年12月25日Group: Other
改定 1.42014年4月9日Group: Other
改定 1.52014年8月6日Group: Other
改定 1.62016年6月15日Group: Non-polymer description
改定 1.72017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.82019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_distant_solvent_atoms / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN
改定 2.02022年10月26日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
L: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
T: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
M: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,58828
ポリマ－172,3324
非ポリマー3,25624
水32,0671780
1
S: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
L: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,79414
ポリマ－86,1662
非ポリマー1,62812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
2
T: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
M: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,79414
ポリマ－86,1662
非ポリマー1,62812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.230, 108.910, 136.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit / NiFeSe hydrogenlyase small chain


分子量: 30874.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfomicrobium baculatum (バクテリア)
参照: UniProt: P13063, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Nickel-dependent hydrogenase large subunit


分子量: 55291.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfomicrobium baculatum (バクテリア)
株: DSM 4028 / VKM B-1378 / 参照: UniProt: C7LN88, 1.18.99.1

-
非ポリマー , 7種, 1804分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES L 492 AND M 492 HAVE THREE STATES: SEC = NON-OXIDIZED SELENOATE (CONFORMATION N); UOX = ...RESIDUES L 492 AND M 492 HAVE THREE STATES: SEC = NON-OXIDIZED SELENOATE (CONFORMATION N); UOX = SELENENATE (SE-O, CONFORMATION D); SE7 = SELENINATE (O=SE-O, CONFORMATION O, BOTH O'S ARE BOUND TO NI). CONFORMATION D CONTAINS A PUTATIVE SS-BOND BETWEEN CYS70 AND CYS73.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.1399 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月6日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 207784 / Num. obs: 193492 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique all: 34201 / Rsym value: 1.763 / % possible all: 66.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4KL8

4kl8


解像度: 1.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.365 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: anisotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 9799 5.1 %RANDOM
Rwork0.16225 ---
obs0.16386 183664 93.35 %-
all-207754 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.09 Å0.136 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11946 0 98 1780 13824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02212748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.97817281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52351566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18124.409567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.478152159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.21565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9331.57774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9042.512624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.12734972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8754572
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.216312746
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 462 -
Rwork0.34 8867 -
obs-9373 61.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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