[日本語] English
万見
- PDB-4knw: The crystal structure of human HDHD4 IN COMPLEX WITH MAGNESIUM AN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4knw
タイトルThe crystal structure of human HDHD4 IN COMPLEX WITH MAGNESIUM AND THE PHOSPHATE MIMETIC VANADATE
要素N-acylneuraminate-9-phosphatase
キーワードHYDROLASE / N-ACETYLNEURAMINATE / NEU5AC-9-PHOSPHATE / CARBOHYDRATE METABOLISM / N-ACETYLNEURAMINIC ACID PHOSPHATASE / NANP / HDHD4
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate-9-phosphatase / N-acetylglucosamine biosynthetic process / N-acylneuraminate-9-phosphatase activity / N-acetylneuraminate biosynthetic process / Sialic acid metabolism / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase hydrolase-like domain / : / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Haloacid dehalogenase hydrolase-like domain / : / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, CTE7 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / N-acylneuraminate-9-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Klei, H.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Design, synthesis, functional and structural characterization of an inhibitor of N-acetylneuraminate-9-phosphate phosphatase: Observation of extensive dynamics in an enzyme/inhibitor complex.
著者: Kim, S.H. / Constantine, K.L. / Duke, G.J. / Goldfarb, V. / Hunt, J.T. / Johnson, S. / Kish, K. / Klei, H.E. / McDonnell, P.A. / Metzler, W.J. / Mueller, L. / Poss, M.A. / Fairchild, C.R. / Bhide, R.S.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acylneuraminate-9-phosphatase
B: N-acylneuraminate-9-phosphatase
C: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7919
ポリマ－86,3743
非ポリマー4186
水724
1
A: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9303
ポリマ－28,7911
非ポリマー1392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9303
ポリマ－28,7911
非ポリマー1392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: N-acylneuraminate-9-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9303
ポリマ－28,7911
非ポリマー1392
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.777, 102.560, 186.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 N-acylneuraminate-9-phosphatase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 4 / Neu5Ac-9-Pase


分子量: 28791.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C20orf147, HDHD4, NANP / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TBE9, N-acylneuraminate-9-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 500 mM postassium formate, 100 mM glycyl-glycine, pH 8.5, 20% (w/v) PEG 1500, 0.01%(w/v) N-dodecyl-b-D-maltoside, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.699→50 Å / Num. obs: 25337 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 79.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1396精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000(DENZO)データ削減
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KNV

4knv


解像度: 2.699→35.128 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2959 615 2.44 %
Rwork0.2542 --
obs0.2553 25240 98.76 %
all-25261 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.5473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å20 Å20 Å2
2---20.75 Å20 Å2
3---18.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.75 Å0.6 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.92 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.699→35.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5223 0 18 4 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7167266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.561834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6995-2.9710.34521340.32085995X-RAY DIFFRACTION98
2.971-3.40060.31511610.28956136X-RAY DIFFRACTION100
3.4006-4.28320.30891650.24936158X-RAY DIFFRACTION99
4.2832-35.1310.26981550.23246336X-RAY DIFFRACTION98
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMLIGAND.TOP
X-RAY DIFFRACTION5LIGAND.PARAM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る