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- PDB-4knn: Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme XIII with 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4knn
タイトルCrystal structure of human carbonic anhydrase isozyme XIII with 2-Chloro-4-[(pyrimidin-2-ylsulfanyl)acetyl]benzenesulfonamide
要素Carbonic anhydrase 13
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / drug design / carbonic anhydrase / benzenesulfonamide / metal-binding / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / myelin sheath / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / CITRIC ACID / Chem-E1F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbonic anhydrase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.404 Å
データ登録者Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Benzenesulfonamides with pyrimidine moiety as inhibitors of human carbonic anhydrases I, II, VI, VII, XII, and XIII
著者: Capkauskaite, E. / Zubriene, A. / Smirnov, A. / Torresan, J. / Kisonaite, M. / Kazokaite, J. / Gylyte, J. / Michailoviene, V. / Jogaite, V. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Tumkevicius, S. / Matulis, D.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Carbonic anhydrase 13
A: Carbonic anhydrase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,90215
ポリマ－59,2272
非ポリマー1,67513
水10,233568
1
B: Carbonic anhydrase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5199
ポリマ－29,6131
非ポリマー9068
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Carbonic anhydrase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3836
ポリマ－29,6131
非ポリマー7705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.182, 57.470, 159.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 13 / Carbonate dehydratase XIII / Carbonic anhydrase XIII / CA-XIII


分子量: 29613.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA13 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N1Q1, carbonic anhydrase

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非ポリマー , 7種, 581分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-E1F / 2-chloro-4-[(pyrimidin-2-ylsulfanyl)acetyl]benzenesulfonamide


分子量: 343.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10ClN3O3S2
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M ammonium citrate (pH 7.0), 0.1M sodium acetate (pH 4.5) and 26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.826606 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月30日
放射モノクロメーター: High Heat Load (HHL) Monochromator: Si 111; Large Offset Monochromator (LOM): Si 311, Si 511
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.826606 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.404→79.733 Å / Num. obs: 99914 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 14.992 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.486.10.3130.262382680135500.120.310.2625.592.6
1.48-1.576.70.2070.1754.492541137680.080.210.1758.799.2
1.57-1.686.60.1430.126.386236130170.050.140.1212.599.4
1.68-1.816.90.0970.0819.183125121170.040.10.08118.599.4
1.81-1.996.50.0650.05412.872937111640.030.060.05426.699.3
1.99-2.226.90.050.04116.570552101850.020.050.04137.499.6
2.22-2.566.60.0420.03518.95875589480.020.040.0354498.9
2.56-3.146.90.0370.03119.75339776940.010.040.03153.599.6
3.14-4.446.50.0320.02820.93899159980.010.030.0286099.2
4.44-79.736.30.0310.02619.82171434730.010.030.02660.499.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
SCALA3.2.19データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NNO

2nno


解像度: 1.404→54.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.195 / WRfactor Rwork: 0.169 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.897 / SU R Cruickshank DPI: 0.065 / SU Rfree: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 9987 10 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.169 99819 --
obs0.169 99819 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.21 Å2 / Biso mean: 17.534 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.404→54.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 101 568 4777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0214625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5771.9666324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7785571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52924.048210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21815738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.861523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.023670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.23131
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1620.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8331.52768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.81424517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20231857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7834.51807
LS精密化 シェル解像度: 1.404→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 637 -
Rwork0.233 5776 -
all-6413 -
obs--86.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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