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- PDB-4kmi: Crystal structure of 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kmi
タイトルCrystal structure of 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase MGP complexed with PO4
要素4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / 5-bladed beta propeller fold / phosphorylase / mannan biodegradation
機能・相同性
機能・相同性情報


4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase / hexosyltransferase activity / cell wall organization / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase / Mannoside phosphorylase / beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nakae, S. / Ito, S. / Higa, M. / Senoura, T. / Wasaki, J. / Hijikata, A. / Shionyu, M. / Ito, S. / Shirai, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Novel Enzyme in Mannan Biodegradation Process 4-O-beta-d-Mannosyl-d-Glucose Phosphorylase MGP
著者: Nakae, S. / Ito, S. / Higa, M. / Senoura, T. / Wasaki, J. / Hijikata, A. / Shionyu, M. / Ito, S. / Shirai, T.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
B: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,68510
ポリマ－87,8792
非ポリマー8068
水16,934940
1
A: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
B: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
ヘテロ分子

A: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
B: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
ヘテロ分子

A: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
B: 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,05630
ポリマ－263,6386
非ポリマー2,41924
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area36290 Å2
ΔGint-358 kcal/mol
Surface area81110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.469, 82.469, 307.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-787-

HOH

21A-909-

HOH

31B-718-

HOH

41B-754-

HOH

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要素

#1: タンパク質 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase / MGP / Mannosylglucose phosphorylase


分子量: 43939.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF0772 / プラスミド: pET-23a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5LH68, 4-O-beta-D-mannosyl-D-glucose phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.15
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 2.0M ammonium diphosphate, pH 5.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 72315 / Num. obs: 72284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 7222 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VKD

1vkd


解像度: 1.8→35.472 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8484 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 3646 5.04 %RANDOM
Rwork0.1892 ---
obs0.1914 72274 99.95 %-
all-72310 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.1 Å2 / Biso mean: 14.2271 Å2 / Biso min: 3.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6060 0 46 940 7046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1468492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2442274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8003-1.8240.30571460.240126402786
1.824-1.8490.29361490.215326102759
1.849-1.87540.23631620.20226232785
1.8754-1.90340.23931350.197726142749
1.9034-1.93310.28121370.18926552792
1.9331-1.96480.24971580.186826422800
1.9648-1.99870.23941560.186126202776
1.9987-2.0350.21731380.175626112749
2.035-2.07420.22361400.167226632803
2.0742-2.11650.20631420.161426392781
2.1165-2.16250.24521350.17526702805
2.1625-2.21280.24611360.177526132749
2.2128-2.26820.22621340.176726542788
2.2682-2.32950.24151200.175526672787
2.3295-2.3980.23891400.180126172757
2.398-2.47540.25921360.188826562792
2.4754-2.56380.2541480.185726542802
2.5638-2.66650.24041440.19626412785
2.6665-2.78780.24561440.189726122756
2.7878-2.93470.21741610.195526342795
2.9347-3.11840.23271270.195426482775
3.1184-3.3590.24661260.188226472773
3.359-3.69680.19711340.181626622796
3.6968-4.23090.21480.177726212769
4.2309-5.32760.20631110.185526572768
5.3276-35.4790.25661390.241826582797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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