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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4klo | ||||||
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タイトル | DNA polymerase beta matched nick complex with Mg2+ and PPi, 30 min | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / LYASE/DNA / DNA polymerase / LYASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / spindle microtubule / response to gamma radiation / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Freudenthal, B.D. / Beard, W.A. / Shock, D.D. / Wilson, S.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Observing a DNA polymerase choose right from wrong. 著者: Freudenthal, B.D. / Beard, W.A. / Shock, D.D. / Wilson, S.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4kldC ![]() 4kleC ![]() 4klfC ![]() 4klgC ![]() 4klhC ![]() 4kliC ![]() 4kljC ![]() 4kllC ![]() 4klmC ![]() 4klqC ![]() 4klsC ![]() 4kltC ![]() 4kluC ![]() 4lvsC ![]() 2fmsS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD
#1: DNA鎖 | 分子量: 4869.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3350.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 38241.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ |
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-非ポリマー , 4種, 429分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PPV / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 50 mM imidazole, 350 mM sodium chloride, 17% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月13日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
回折測定 | 詳細: 0.25 degrees, 10.0 sec, detector distance 50.00 mm | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Av R equivalents: 0.083 / 数: 109406 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.845→50 Å / Num. all: 36371 / Num. obs: 34639 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 33.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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Cell measurement | Reflection used: 109406 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FMS 解像度: 1.845→22.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8355 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.368 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.86 Å2 / Biso mean: 28.834 Å2 / Biso min: 13.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.845→22.616 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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