ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | REFMAC | 5.7.0029精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | SBC-Collect | | データ収集 | | HKL-3000 | | データ削減 | | HKL-3000 | | データスケーリング | | SHELXD | | 位相決定 | | MLPHARE | | 位相決定 | | 直接法 | | 位相決定 | | SOLVE | | 位相決定 | | RESOLVE | | 位相決定 | | HKL-3000 | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 11.226 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2501 | 936 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.206 | - | - | - |
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all | 0.208 | 18248 | - | - |
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obs | 0.208 | 18248 | 97.32 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 146.75 Å2 / Biso mean: 59.7512 Å2 / Biso min: 31.45 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.33 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -4.84 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 7.17 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→36.6 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1295 | 0 | 9 | 78 | 1382 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.016 | 0.019 | 1348 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.003 | 0.02 | 1304 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.762 | 1.994 | 1812 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.801 | 3 | 3028 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.737 | 5 | 171 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg35.601 | 25.714 | 63 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg16.66 | 15 | 243 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg22.638 | 15 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.104 | 0.2 | 203 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 1507 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 275 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.928→1.978 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.333 | 55 | - |
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Rwork | 0.346 | 1012 | - |
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all | - | 1067 | - |
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obs | - | 1067 | 80.35 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.0239 Å / Origin y: 58.5566 Å / Origin z: 15.959 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.3003 Å2 | 0.0225 Å2 | 0.0273 Å2 | - | 0.267 Å2 | 0.0318 Å2 | - | - | 0.0462 Å2 |
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L | 0.8658 °2 | -0.0442 °2 | -0.1183 °2 | - | 5.8892 °2 | 1.2936 °2 | - | - | 0.3673 °2 |
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S | 0.0017 Å ° | 0.0698 Å ° | 0.1206 Å ° | -0.8809 Å ° | 0.0814 Å ° | -0.3599 Å ° | -0.1527 Å ° | 0.1404 Å ° | -0.0832 Å ° |
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