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- PDB-4kkt: Crystal Structure of BesA (P21 form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kkt
タイトルCrystal Structure of BesA (P21 form)
要素Membrane fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity
類似検索 - 分子機能
Membrane fusion protein, biotin-lipoyl like domain / Biotin-lipoyl like / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Single hybrid motif ...Membrane fusion protein, biotin-lipoyl like domain / Biotin-lipoyl like / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Single hybrid motif / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Greene, N.P. / Hinchliffe, P. / Crow, A. / Ababou, A. / Hughes, C. / Koronakis, V.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Structure of an atypical periplasmic adaptor from a multidrug efflux pump of the spirochete Borrelia burgdorferi.
著者: Greene, N.P. / Hinchliffe, P. / Crow, A. / Ababou, A. / Hughes, C. / Koronakis, V.
履歴
登録2013年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane fusion protein
B: Membrane fusion protein
C: Membrane fusion protein
D: Membrane fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,0434
ポリマ－130,0434
非ポリマー00
水2,000111
1
A: Membrane fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5111
ポリマ－32,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Membrane fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5111
ポリマ－32,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Membrane fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5111
ポリマ－32,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Membrane fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5111
ポリマ－32,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.200, 73.740, 152.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGILEILEAA45 - 31724 - 296
21ARGARGILEILEBB45 - 31724 - 296
12ARGARGILEILEAA45 - 31724 - 296
22ARGARGILEILECC45 - 31724 - 296
13ARGARGILEILEAA45 - 31724 - 296
23ARGARGILEILEDD45 - 31724 - 296
14ARGARGILEILEBB45 - 31724 - 296
24ARGARGILEILECC45 - 31724 - 296
15TYRTYRILEILEBB44 - 31723 - 296
25TYRTYRILEILEDD44 - 31723 - 296
16ARGARGASNASNCC45 - 31624 - 295
26ARGARGASNASNDD45 - 31624 - 295

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Membrane fusion protein


分子量: 32510.668 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-317 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O51166
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.1M phosphate/citrate pH 4.7, 25% PEG 6,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月11日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→73.74 Å / Num. all: 66687 / Num. obs: 54853 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KKU

4kku


解像度: 2.53→73.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 9.823 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2855 2784 5.1 %RANDOM
Rwork0.25737 ---
all0.25882 52051 --
obs0.25882 52051 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20.13 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→73.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8113 0 0 111 8224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.028514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.99611126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.127319681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89851056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.07525.729295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.421151647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2021532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A167460.07
12B167460.07
21A168020.08
22C168020.08
31A166950.08
32D166950.08
41B169760.07
42C169760.07
51B170860.06
52D170860.06
61C169060.06
62D169060.06
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 178 -
Rwork0.335 3407 -
obs--85.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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