PDB-4kkq: Crystal structure of Vibrio cholerae RbmA (crystal form 1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kkq

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae RbmA (crystal form 1)

要素

RbmA protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Fn-III / matrix protein / secreted

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3880 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Sondermann, H. / Giglio, K.M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Biofilm Formation via the Vibrio cholerae Matrix Protein RbmA.
著者: Giglio, K.M. / Fong, J.C. / Yildiz, F.H. / Sondermann, H.

履歴

登録	2013年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kkq.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kkq.ent.gz	155.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kkq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kkq_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kkq_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	4kkq_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	4kkq_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kkq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kkpC 4kkrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kkp-d 4kkr-d 4be6-d 4phd-d 7k96-d 2gtp-2 4tur-d 6cua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RbmA protein

B: RbmA protein

52.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.267, 117.267, 112.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-328- HOH
2	1	B-461- HOH

#1: タンパク質	RbmA protein 分子量: 26393.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: MJ-1236 / 遺伝子: VCD_003406 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3NSJ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.38 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 10% Polyethylene glycol 10,000, 25% Xylitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9771 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9771 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→50 Å / Num. all: 45548 / Num. obs: 45502 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.16→2.24 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→46.508 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	2010	4.75 %
R_work	0.1804	-	-
obs	0.1817	42327	99.64 %
all	-	45548	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→46.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3501	0	0	322	3823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	4846
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.494	1299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.2159	0.3061	133	0.2318	2818	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2159-2.2758	0.2602	146	0.221	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2758-2.3427	0.2604	137	0.2082	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3427-2.4183	0.2627	139	0.202	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4183-2.5048	0.2441	145	0.2051	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5048-2.605	0.2669	138	0.2113	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.7236	0.2764	140	0.2033	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7236-2.8672	0.2852	147	0.2078	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8672-3.0468	0.2047	142	0.2043	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0468-3.282	0.2224	147	0.197	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.282-3.6121	0.2017	141	0.1698	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6121-4.1345	0.1719	146	0.1577	2887	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1345-5.208	0.1515	151	0.1366	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
5.208-46.5188	0.2063	158	0.1891	3095	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2027	0.3272	-0.676	2.1921	0.8771	3.12	-0.11	0.5582	0.4561	-0.7003	0.0464	-0.0807	-0.7987	0.2877	0.0127	0.5808	-0.1593	0.0003	0.4209	0.0743	0.3173	-30.3117	12.2482	-29.437
2	4.3422	-0.6469	0.1976	1.4663	0.1351	2.3157	-0.0028	0.4039	-0.0531	-0.4513	0.0108	-0.0752	-0.3572	0.1739	0.0384	0.4363	-0.1201	0.0254	0.3825	0.0256	0.3321	-31.5361	4.9888	-29.7942
3	1.2419	0.73	-0.0103	1.6429	0.2251	2.7833	-0.0796	0.212	-0.1866	-0.0413	0.1081	-0.2597	0.2128	0.5365	-0.0119	0.2521	0.0489	-0.0017	0.3736	-0.0519	0.3246	-30.0858	-16.0886	-27.0562
4	2.0734	0.01	1.1012	2.9379	0.4667	2.6993	-0.0747	-0.6757	-0.3062	0.3309	0.0163	0.1993	0.4274	-0.2316	0.0269	0.3446	0.0308	0.0316	0.4508	0.0878	0.2976	-39.9518	-17.8486	-6.578
5	1.9786	0.5154	-1.098	4.9972	-0.2792	7.8827	0.0677	-1.162	-0.2643	0.5523	0.3356	1.352	0.4734	-1.2569	-0.4325	0.781	-0.1232	0.0881	0.7843	0.1994	0.6545	-46.7825	-25.1614	-2.1655
6	3.2776	0.5363	0.2638	1.4285	0.6842	2.3174	0.0619	-0.1521	0.014	0.1422	-0.0103	-0.1554	0.3181	0.3983	-0.0505	0.3207	0.0729	-0.018	0.4535	0.0576	0.3129	-31.5212	-13.755	-7.5166
7	0.9862	0.1753	-0.0671	1.2836	0.0647	2.0097	-0.0868	-0.0636	-0.0957	-0.0734	0.0271	-0.1631	-0.1568	0.3842	0.0611	0.2614	-0.0534	0.0043	0.3135	-0.0208	0.2885	-26.9023	7.8157	-9.2592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 38:126)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 127:155)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 156:271)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 35:109)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 110:114)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 115:156)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 157:271)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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