[日本語] English
万見
- PDB-4kkn: Crystal structure of bovine CTLA-4, PSI-NYSGRC-012704 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kkn
タイトルCrystal structure of bovine CTLA-4, PSI-NYSGRC-012704
要素Cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like V-type domain / Ig superfamily / extracellular / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. ...Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, R. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S.J. / Scott Glenn, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Attonito, J. / Love, J.D. / Patel, H. / Patel, R. / Seidel, R.D. / Smith, B. / Stead, M. / Toro, R. / Casadevall, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of bovine CTLA-4, PSI-NYSGRC-012704
著者: Kumar, P.R. / Casadevall, A. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1952
ポリマ－14,4461
非ポリマー7491
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.875, 87.831, 52.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly should be a dimer

-
要素

#1: タンパク質 Cytotoxic T-lymphocyte associated protein 4 / CTLA-4 protein / Uncharacterized protein


分子量: 14446.169 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CTLA-4, CTLA4 / プラスミド: pIEX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q28090
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (30%(w/v) PEG1500, 10%(v/v) Isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M Imidazole, pH 6.5), Cryoprotection (70%(v/v) Sucrose), Vapor ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (30%(w/v) PEG1500, 10%(v/v) Isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M Imidazole, pH 6.5), Cryoprotection (70%(v/v) Sucrose), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 9123 / Num. obs: 9112 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 32.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.25-2.2911.30.677198.9
2.29-2.3312.40.724199.3
2.33-2.3812.90.6891100
2.38-2.4213.70.6741100
2.42-2.48140.5261100
2.48-2.5314.20.461100
2.53-2.614.40.4031100
2.6-2.6714.50.3131100
2.67-2.7514.30.2891100
2.75-2.8314.50.2311100
2.83-2.9414.30.1721100
2.94-3.0514.30.1211100
3.05-3.1914.10.1131100
3.19-3.36140.0911100
3.36-3.5713.90.0731100
3.57-3.8513.80.0631100
3.85-4.2313.40.0591100
4.23-4.8513.10.0531100
4.85-6.113.10.0471100
6.1-5012.60.0371100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X44

2x44


解像度: 2.253→43.915 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 399 4.77 %
Rwork0.1898 --
obs0.1923 8367 91.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.6296 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.253→43.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数878 0 50 41 969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2841290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.442362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2533-2.57930.27921170.21442127X-RAY DIFFRACTION75
2.5793-3.24950.29161290.21132861X-RAY DIFFRACTION100
3.2495-43.92380.211530.17472980X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30771.84370.53135.24871.70436.24940.006-0.36810.6280.1614-0.11330.422-0.1519-0.45410.09910.13680.01210.06930.2048-0.08010.2021-15.8978-11.2734-2.8875
21.73450.36471.7292.3886-0.32582.365-0.1575-0.1111-0.3102-0.45980.0614-0.06450.8149-0.4575-0.02120.2772-0.08510.0580.2272-0.03460.1879-14.0797-21.9438-8.1904
35.15152.2257-36.6072-2.22686.69410.2674-0.66-0.12220.0822-0.45160.04880.4683-0.42680.15260.275-0.11760.02750.4217-0.05420.1491-17.3326-21.20592.7577
44.71322.86621.16924.71961.72374.9883-0.0787-0.2305-0.0128-0.210.1042-0.2680.1484-0.3184-0.12920.2477-0.04280.03620.1673-0.04010.0673-11.7022-16.1112-7.1221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 60 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 114 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 115 through 151)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る