PDB-4kk6: Structure of CLC-ec1 deltaNC construct in 20mM Bromide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kk6

タイトル

Structure of CLC-ec1 deltaNC construct in 20mM Bromide

要素

Fab, heavy chain
Fab, light chain
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.183 Å

データ登録者

Lim, H.-H. / Miller, C.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Fluoride-dependent interruption of the transport cycle of a CLC Cl(-)/H(+) antiporter.
著者: Lim, H.H. / Stockbridge, R.B. / Miller, C.

履歴

登録	2013年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kk6.cif.gz	332.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kk6.ent.gz	269.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kk6_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kk6_full_validation.pdf.gz	494.6 KB	表示
XML形式データ	4kk6_validation.xml.gz	66.3 KB	表示
CIF形式データ	4kk6_validation.cif.gz	85.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kjpC 4kjqC 4kjwC 4kk5C 4kk8C 4kk9C 4kkaC 4kkbC 4kkcC 4kklC 4v9p C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mqx-1 4kjp-1 3det-1 4kkb-1 4kkc-1 4kjq-1 4kjw-1 4kk8-1 4kkl-1 4kk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

C: Fab, heavy chain

D: Fab, light chain

E: Fab, heavy chain

F: Fab, light chain

ヘテロ分子

189 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fab, heavy chain

D: Fab, light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Fab, heavy chain

F: Fab, light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.362, 100.918, 171.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1 分子量: 47618.402 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 17-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0155, clcA, eriC, JW5012, yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体	Fab, heavy chain 分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Fab, light chain 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.72 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 25% PEG400, 100mM Na/K tartrate, 100mM Glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→25 Å / Num. all: 95466 / Num. obs: 95417 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.093
反射シェル	解像度: 3.18→3.26 Å / R_merge(I) obs: 0.612

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.183→24.882 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 31.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2692	2462	5.05 %
R_work	0.2351	-	-
obs	0.2369	95417	98.97 %
all	-	95466	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.183→24.882 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13214	0	4	0	13218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763	18424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.359	4764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1828-3.2189	0.3814	105	0.3425	2207	X-RAY DIFFRACTION	72
3.2189-3.2567	0.3906	162	0.3428	3039	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2567-3.2964	0.4173	150	0.319	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2964-3.338	0.3164	155	0.307	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
3.338-3.3818	0.3557	156	0.3103	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3818-3.428	0.3443	154	0.2971	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
3.428-3.4769	0.3286	167	0.2921	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4769-3.5286	0.3438	175	0.2799	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5286-3.5836	0.2944	144	0.2669	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5836-3.6422	0.2945	134	0.2663	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6422-3.7048	0.3031	164	0.265	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7048-3.7719	0.2715	164	0.2637	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7719-3.8442	0.3396	184	0.2598	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8442-3.9224	0.2584	148	0.2575	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9224-4.0073	0.294	158	0.2547	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0073-4.1002	0.3406	136	0.2623	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1002-4.2022	0.2508	192	0.2288	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2022-4.3153	0.2523	158	0.2329	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3153-4.4416	0.2831	149	0.2124	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4416-4.5841	0.2962	174	0.2227	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5841-4.7468	0.2533	186	0.2225	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7468-4.9355	0.2486	153	0.2064	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9355-5.1582	0.3	165	0.2163	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1582-5.4275	0.2482	163	0.2115	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4275-5.7636	0.2485	176	0.2184	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7636-6.2022	0.251	166	0.221	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2022-6.8147	0.2825	175	0.2122	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8147-7.7744	0.2356	136	0.2002	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7744-9.6975	0.1618	183	0.1686	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
9.6975-24.8826	0.2718	184	0.2591	3021	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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