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万見
- PDB-4kjx: Crystal Structure of the complex of three phase partition treated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kjx
タイトルCrystal Structure of the complex of three phase partition treated lipase from Thermomyces lanuginosa with Lauric acid and P-nitrobenzaldehyde (PNB) at 2.1 resolution
要素Lipase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / : / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LAURIC ACID / 4-nitrobenzaldehyde / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kumar, M. / Mukherjee, J. / Gupta, M.N. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of the complex of three phase partition treated lipase from Thermomyces lanuginosa with Lauric acid and P-nitrobenzaldehyde (PNB) at 2.1 resolution
著者: Kumar, M. / Mukherjee, J. / Gupta, M.N. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2013年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,35315
ポリマ－58,6852
非ポリマー1,66813
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.997, 139.997, 80.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Lipase / Triacylglycerol lipase


分子量: 29342.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-291 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 280分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-XXH / 4-nitrobenzaldehyde


分子量: 151.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, O.1M Nacl, 1.6M Ammonium sulphate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 98715 / Num. obs: 48911 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 48911 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EA6

4ea6


解像度: 2.1→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.994 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26528 2634 5.1 %RANDOM
Rwork0.21425 ---
obs0.21679 48888 97.99 %-
all-98715 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.23 Å20 Å20 Å2
2--19.23 Å20 Å2
3----38.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 111 269 4520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.024349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0681.9545903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1083.0037005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6575536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06424210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.96515622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6321528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02934
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 180 -
Rwork0.376 3320 -
obs--89.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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