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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kjs | ||||||
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タイトル | Structure of native YfkE | ||||||
要素 | cation exchanger YfkE | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / YfkE / CaCA / Ca/H+ antiporter / CAX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium:proton antiporter activity / calcium ion transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, M. / Tong, S. / Zheng, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Crystal structure of Ca2+/H+ antiporter protein YfkE reveals the mechanisms of Ca2+ efflux and its pH regulation. 著者: Wu, M. / Tong, S. / Waltersperger, S. / Diederichs, K. / Wang, M. / Zheng, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kjs.cif.gz | 128.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kjs.ent.gz | 102 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kjs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kjs_validation.pdf.gz | 443.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kjs_full_validation.pdf.gz | 460.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4kjs_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kjs_validation.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kjs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37502.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: yfkE, BSU07920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34840 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 23-25% PEG400, 0.2M Ammonium Sulfate, 20mM NaCl, 0.1M NaAc pH4.0, 3% Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.6 Å | |||||||||||||||
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検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.6 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.9→84 Å / Num. all: 22199 / Num. obs: 21979 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 17.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.565 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.048→3.127 Å / Total num. of bins used: 20
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